[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6zzh: Structure of soluble SmhB crystal form 2 of the tripartite alpha-... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6zzh | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of soluble SmhB crystal form 2 of the tripartite alpha-pore forming toxin, Smh, from Serratia marcescens. | ||||||
Components | SmhB | ||||||
Keywords | TOXIN / Pore forming toxin / Bacterial toxin / Serratia marcescens | ||||||
Function / homology | Hemolysin BL-binding component / Bacillus haemolytic enterotoxin (HBL) / membrane / HBL/NHE enterotoxin family protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Serratia marcescens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.86 Å | ||||||
Authors | Churchill-Angus, A.M. / Baker, P.J. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2021 Title: Characterisation of a tripartite alpha-pore forming toxin from Serratia marcescens Authors: Churchill-Angus, A.M. / Schofield, T.H.B. / Marlow, T.R. / Sedelnikova, S.E. / Wilson, J.S. / Rafferty, J.B. / Baker, P.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6zzh.cif.gz | 485.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6zzh.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 6zzh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/6zzh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/6zzh | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 6zz5SC 7a0gC 7a26C 7a27C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain: (Details: Chains AAA BBB) |
-Components
#1: Protein | Mass: 39376.562 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Serratia marcescens (bacteria) / Gene: BHU62_20105 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A1Q4NVM7 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.59 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 280.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.22M Magnesium chloride hexahydrate 0.1M Na acetate pH 5.15, 26% (w/v) PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.9159 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 23, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9159 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.86→87.51 Å / Num. obs: 50442 / % possible obs: 90.2 % / Redundancy: 10.4 % / CC1/2: 0.8 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 10.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.86→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.899 / Num. unique obs: 2519 / CC1/2: 0.6 / Rpim(I) all: 0.525 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6ZZ5 Resolution: 1.86→87.498 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 9.756 / SU ML: 0.133 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.18 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.312 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.86→87.498 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|