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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zvm | ||||||
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タイトル | Botulinum neurotoxin B2 binding domain in complex with GD1a | ||||||
要素 | Neurotoxin神経毒 | ||||||
キーワード | TOXIN (毒素) / botulinum neurotoxin / ganglioside (ガングリオシド) / gd1a / bont / b2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of neurotransmitter secretion / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / タンパク質分解 / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Davies, J.R. / Masuyer, G. / Stenmark, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Toxins / 年: 2020 タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Botulinum Neurotoxin Subtype B2 Binding to Its Receptors. 著者: Davies, J.R. / Masuyer, G. / Stenmark, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zvm.cif.gz | 119.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zvm.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6zvm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/6zvm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/6zvm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52464.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: bontb / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GR96 | ||||
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#2: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.97 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.16 M calcium acetate hydrate, 0.08 M MES pH 6.5, 14.4% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→63.816 Å / Num. obs: 46758 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 16.98 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2663 / CC1/2: 0.682 / Rpim(I) all: 0.356 / Rrim(I) all: 0.777 / Χ2: 1 / % possible all: 96.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4kbb 解像度: 1.8→63.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.469 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→63.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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