PDB-6znb: PHAGE SAM LYASE IN APO STATE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6znb

タイトル

PHAGE SAM LYASE IN APO STATE

要素

Phage SAM lyase Svi3-3

キーワード

LYASE (リアーゼ) / SAM lyase /

S-adenosyl methionine (S-アデノシルメチオニン) /

phage (ファージ)

機能・相同性

リン酸塩

機能・相同性情報

生物種

Bacteriophage sp. (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Eckhard, U. / Kanchugal P, S. / Selmer, M.

資金援助

スウェーデン, 2件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Structure and mechanism of a phage-encoded SAM lyase revises catalytic function of enzyme family.
著者: Guo, X. / Soderholm, A. / Kanchugal P, S. / Isaksen, G.V. / Warsi, O. / Eckhard, U. / Triguis, S. / Gogoll, A. / Jerlstrom-Hultqvist, J. / Aqvist, J. / Andersson, D.I. / Selmer, M.

履歴

登録	2020年7月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6znb.cif.gz	76.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6znb.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6znb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/6znb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/6znb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zm9SC 6zmgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6p9m-d 2qe9-d 3ac9-d 3o04-d 5qka-2 6zmg-1 4jv3-d 2zbx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDJ55associated SAS data, SEC-SAXS for apo Svi3-3

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AA: Phage SAM lyase Svi3-3

ヘテロ分子

16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AA: Phage SAM lyase Svi3-3

ヘテロ分子

AA: Phage SAM lyase Svi3-3

ヘテロ分子

AA: Phage SAM lyase Svi3-3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, SEC and SAXS both confirm trimer
49.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.477, 158.477, 158.477
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	210
Space group name H-M	F4₁32
Space group name Hall	F4d23
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/4,-z+1/4,y+1/4 #3: x+1/4,z+1/4,-y+1/4 #4: z+1/4,y+1/4,-x+1/4 #5: -z+1/4,y+1/4,x+1/4 #6: -y+1/4,x+1/4,z+1/4 #7: y+1/4,-x+1/4,z+1/4 #8: z,x,y #9: y,z,x #10: -y,-z,x #11: z,-x,-y #12: -y,z,-x #13: -z,-x,y #14: -z,x,-y #15: y,-z,-x #16: x,-y,-z #17: -x,y,-z #18: -x,-y,z #19: y+1/4,x+1/4,-z+1/4 #20: -y+1/4,-x+1/4,-z+1/4 #21: z+1/4,-y+1/4,x+1/4 #22: -z+1/4,-y+1/4,-x+1/4 #23: -x+1/4,z+1/4,y+1/4 #24: -x+1/4,-z+1/4,-y+1/4 #25: x,y+1/2,z+1/2 #26: x+1/4,-z+3/4,y+3/4 #27: x+1/4,z+3/4,-y+3/4 #28: z+1/4,y+3/4,-x+3/4 #29: -z+1/4,y+3/4,x+3/4 #30: -y+1/4,x+3/4,z+3/4 #31: y+1/4,-x+3/4,z+3/4 #32: z,x+1/2,y+1/2 #33: y,z+1/2,x+1/2 #34: -y,-z+1/2,x+1/2 #35: z,-x+1/2,-y+1/2 #36: -y,z+1/2,-x+1/2 #37: -z,-x+1/2,y+1/2 #38: -z,x+1/2,-y+1/2 #39: y,-z+1/2,-x+1/2 #40: x,-y+1/2,-z+1/2 #41: -x,y+1/2,-z+1/2 #42: -x,-y+1/2,z+1/2 #43: y+1/4,x+3/4,-z+3/4 #44: -y+1/4,-x+3/4,-z+3/4 #45: z+1/4,-y+3/4,x+3/4 #46: -z+1/4,-y+3/4,-x+3/4 #47: -x+1/4,z+3/4,y+3/4 #48: -x+1/4,-z+3/4,-y+3/4 #49: x+1/2,y,z+1/2 #50: x+3/4,-z+1/4,y+3/4 #51: x+3/4,z+1/4,-y+3/4 #52: z+3/4,y+1/4,-x+3/4 #53: -z+3/4,y+1/4,x+3/4 #54: -y+3/4,x+1/4,z+3/4 #55: y+3/4,-x+1/4,z+3/4 #56: z+1/2,x,y+1/2 #57: y+1/2,z,x+1/2 #58: -y+1/2,-z,x+1/2 #59: z+1/2,-x,-y+1/2 #60: -y+1/2,z,-x+1/2 #61: -z+1/2,-x,y+1/2 #62: -z+1/2,x,-y+1/2 #63: y+1/2,-z,-x+1/2 #64: x+1/2,-y,-z+1/2 #65: -x+1/2,y,-z+1/2 #66: -x+1/2,-y,z+1/2 #67: y+3/4,x+1/4,-z+3/4 #68: -y+3/4,-x+1/4,-z+3/4 #69: z+3/4,-y+1/4,x+3/4 #70: -z+3/4,-y+1/4,-x+3/4 #71: -x+3/4,z+1/4,y+3/4 #72: -x+3/4,-z+1/4,-y+3/4 #73: x+1/2,y+1/2,z #74: x+3/4,-z+3/4,y+1/4 #75: x+3/4,z+3/4,-y+1/4 #76: z+3/4,y+3/4,-x+1/4 #77: -z+3/4,y+3/4,x+1/4 #78: -y+3/4,x+3/4,z+1/4 #79: y+3/4,-x+3/4,z+1/4 #80: z+1/2,x+1/2,y #81: y+1/2,z+1/2,x #82: -y+1/2,-z+1/2,x #83: z+1/2,-x+1/2,-y #84: -y+1/2,z+1/2,-x #85: -z+1/2,-x+1/2,y #86: -z+1/2,x+1/2,-y #87: y+1/2,-z+1/2,-x #88: x+1/2,-y+1/2,-z #89: -x+1/2,y+1/2,-z #90: -x+1/2,-y+1/2,z #91: y+3/4,x+3/4,-z+1/4 #92: -y+3/4,-x+3/4,-z+1/4 #93: z+3/4,-y+3/4,x+1/4 #94: -z+3/4,-y+3/4,-x+1/4 #95: -x+3/4,z+3/4,y+1/4 #96: -x+3/4,-z+3/4,-y+1/4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AA-201- PO4
2	1	AA-201- PO4
3	1	AA-302- HOH
4	1	AA-303- HOH

#1: タンパク質	Phage SAM lyase Svi3-3 分子量: 16303.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteriophage sp. (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.5 M ammonium phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0722 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0722 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→39.62 Å / Num. obs: 4409 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 71.99 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_rim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 634 / CC_1/2: 0.61 / R_rim(I) all: 0.939 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZM9

6zm9

解像度: 2.8→39.62 Å / SU ML: 0.2331 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.826
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2737	221	5.03 %
R_work	0.2324	4175	-
obs	0.2345	4396	96.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	979	0	10	3	992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	998
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4599	1345
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	154
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0026	172
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.9789	594

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-3.53	0.3419	109	0.3078	2062	X-RAY DIFFRACTION	98.46
3.53-39.62	0.2505	112	0.207	2113	X-RAY DIFFRACTION	94.48

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.38851592834	1.1591641598	-1.35570980573	1.70040717836	-0.699779071801	0.750356156866	-0.656919929861	-0.94034369173	-0.355871807816	-0.122112206462	0.119627341375	-0.519665583428	-0.555112795549	0.344168401784	0.496797993857	0.69861543237	0.0098742428177	0.0195620788458	0.528450782838	-0.0288484529859	0.656602013158	31.681652568	-19.0030739345	33.1547683337
2	5.24360166194	-0.355301227098	0.452310031547	4.13240146729	-0.198413720309	3.98510401817	-0.0976692562484	-0.173905866459	0.945447070602	0.110517335398	0.00239419913032	0.366956209484	-0.294925645098	-0.0229001314142	0.152750564526	0.472727158695	-0.0250588056137	0.0354686632309	0.534981423836	-0.148175541479	0.560947919203	12.0952806365	-13.1207361642	33.0950870858
3	5.90832408917	6.02206538141	0.613492239767	6.92384164788	-1.07344323008	5.08010686671	0.0992522948292	0.964082776219	0.304360242845	0.0624770331291	1.07579316587	1.09302813446	0.575464576053	0.768154621781	-0.434401664346	0.560710297528	0.116679148306	0.119444635242	0.353524800221	0.0228079995803	0.798608635387	10.2359581633	-26.2410892555	24.8047000611
4	4.38275741358	-1.07346309302	2.2897781118	1.55617617023	-0.629064294895	4.62126571835	-0.0786169031309	-0.612934008492	0.435142728021	-0.178243647981	-0.505008896554	-0.247028664879	0.123232939568	-0.437065154857	0.469888488577	0.631353652989	-0.131725793509	0.166615901471	0.69340644695	-0.035935522558	0.605988649796	19.9485762813	-19.7042862225	33.0811974468
5	8.26977435368	-0.122346658775	0.599434598306	5.11422888901	-0.313292970021	3.27673627631	-0.372282777355	-1.96051665518	0.244397751579	0.828890002869	0.181533069329	0.220345831655	0.189956022808	0.257553331173	0.097555163316	0.606596485774	0.0529155921476	0.100682020849	0.812068098117	-0.1500233296	0.503589833998	15.563707676	-19.6019733102	42.2505228609
6	8.77552852164	-2.43262458074	-0.830029986854	6.53319507901	0.496498098452	2.61327001112	-0.597483863697	-0.743461713627	0.267524438863	0.162699743574	0.504321135374	-0.445673007306	0.37606542116	0.364002294077	-0.030499408475	0.593079613652	0.0137834633313	0.138940187243	0.588720910858	-0.0243120137172	0.602886857354	18.6108119985	-27.5134995409	37.4315326019
7	6.23537779311	1.72025899511	-4.65627535787	5.87334557909	-3.8953783643	4.74431745548	-1.05866947687	0.428878074148	-0.828880373128	0.918097403758	0.425503652838	-0.39918842944	0.260396248514	-0.412305685401	0.322938936681	1.20373777162	0.19262055074	0.0572037665816	0.809983125096	-0.19838933468	0.784262828617	-1.95886453843	-28.2507933155	42.4806725792

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'AA' and (resid 1 through 18 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'AA' and (resid 19 through 49 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'AA' and (resid 50 through 66 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'AA' and (resid 67 through 83 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'AA' and (resid 84 through 102 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'AA' and (resid 103 through 124 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'AA' and (resid 125 through 129 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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