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- PDB-6zn4: MaeB malic enzyme domain apoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zn4
タイトルMaeB malic enzyme domain apoprotein
要素NADP-dependent malate dehydrogenase,Malate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / malic enzyme (リンゴ酸酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


リンゴ酸デヒドロゲナーゼ (オキサロ酢酸脱炭酸) (NADP+) / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / oxaloacetate decarboxylase activity / acyltransferase activity / NAD binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Malic enzyme, NAD-binding domain, bacterial type / Phosphate acetyltransferase, domain 2 / Phosphate acetyltransferase, domain 1 / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain ...Malic enzyme, NAD-binding domain, bacterial type / Phosphate acetyltransferase, domain 2 / Phosphate acetyltransferase, domain 1 / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP-dependent malate dehydrogenase / リンゴ酸デヒドロゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Bdellovibrio bacteriovorus (ブデロビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.679 Å
データ登録者Lovering, A.L. / Harding, C.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)mibtp studentship 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: A rotary mechanism for allostery in bacterial hybrid malic enzymes.
著者: Harding, C.J. / Cadby, I.T. / Moynihan, P.J. / Lovering, A.L.
履歴
登録2020年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年3月17日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / citation_author / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / exptl_crystal / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id ..._atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.selection_details / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADP-dependent malate dehydrogenase,Malate dehydrogenase
B: NADP-dependent malate dehydrogenase,Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,2604
ポリマ－96,2122
非ポリマー492
水12,250680
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8540 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area30570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.028, 92.654, 96.956
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.100, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 NADP-dependent malate dehydrogenase,Malate dehydrogenase


分子量: 48105.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus (strain ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100) (ブデロビブリオ)
株: ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100 / 遺伝子: Bd1834, mdh, Bd1833 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6MM14, UniProt: Q6MM15, リンゴ酸デヒドロゲナーゼ (オキサロ酢酸脱炭酸) (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 680 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.13 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.3 / 詳細: 0.1M bicine pH 9.3 25% w/v PEG smear medium

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97948 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→48.019 Å / Num. obs: 96511 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.81 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.81
反射 シェル解像度: 1.67→1.7 Å / Num. unique obs: 4697 / CC1/2: 0.46

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CEE

5cee


解像度: 1.679→48.019 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2039 4646 4.93 %
Rwork0.1702 89526 -
obs0.1718 94172 97.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.99 Å2 / Biso mean: 36.9767 Å2 / Biso min: 8.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.679→48.019 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6115 0 2 680 6797
Biso mean--24.71 43.68 -
残基数----814
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076235
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1098443
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046969
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051106
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3742317
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6791-1.69820.39151200.3362284292
1.6982-1.71820.34621230.3149294295
1.7182-1.73910.35611340.2941294696
1.7391-1.76110.31141390.2693291795
1.7611-1.78430.27041550.2587291896
1.7843-1.80870.23811370.2501292596
1.8087-1.83460.30351650.2379291895
1.8346-1.8620.24021470.2245295597
1.862-1.89110.22231600.218292196
1.8911-1.92210.23911700.2033291195
1.9221-1.95520.22771680.195297899
1.9552-1.99080.2031390.1867297996
1.9908-2.02910.23141200.1904301898
2.0291-2.07050.24261370.1946295997
2.0705-2.11550.22321380.1835301998
2.1155-2.16470.20441520.1833298098
2.1647-2.21880.19561690.1733299398
2.2188-2.27880.20781870.1721296597
2.2788-2.34590.21831450.1724301099
2.3459-2.42160.19921770.1719298397
2.4216-2.50810.19521750.166301699
2.5081-2.60860.2211670.1718299999
2.6086-2.72730.19661970.1647297298
2.7273-2.8710.20841790.1741299999
2.871-3.05090.2141680.1652303299
3.0509-3.28640.20211380.1653307699
3.2864-3.6170.19291740.1557305299
3.617-4.14020.16831630.135305399
4.1402-5.21520.1641480.12853110100
5.2152-48.0190.16441550.1421313899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1112-0.14030.01190.17910.02340.6731-0.0185-0.06550.12670.13080.01830.0518-0.09620.0197-0.20570.175-0.00040.04990.1454-0.11520.2995-8.05238.91525.812
20.06010.02090.03150.01140.0160.03750.0030.01670.0455-0.05210.0573-0.05430.03290.2664-00.12160.00380.00350.2035-0.02580.208918.11624.7888.634
30.12880.0036-0.15320.1579-0.12830.3996-0.042-0.22680.00090.1149-0.01770.06970.16420.0367-0.00120.1678-0.00570.01370.1976-0.02610.1462-4.36715.97226.529
40.0112-0.02160.01340.054-0.01780.0230.02-0.1068-0.13690.1281-0.03130.08160.1583-0.14530.00050.3862-0.02590.01490.52430.06730.1997-11.5465.66848.944
50.01650.0093-0.00680.03050.01360.01550.0841-0.098-0.2002-0.05770.030.09650.1436-0.12250.00010.5077-0.0998-0.07210.57010.0060.4519-23.9661.54841.905
60.0542-0.0780.080.4906-0.05640.12920.1106-0.14370.05030.210.00320.2841-0.1199-0.31560.04560.4569-0.00430.14490.6903-0.03040.2592-18.86917.76454.487
70.2173-0.04830.0570.0189-0.02850.04560.0689-0.29810.03590.0854-0.0456-0.0379-0.08310.2692-0.00270.2847-0.02230.00390.4706-0.03390.12421.48321.12144.88
80.05040.0522-0.05470.0759-0.05190.06080.0838-0.2691-0.07470.0021-0.1301-0.11090.05680.2757-0.00540.27370.0923-0.04970.453-0.00430.17811.18412.37737.75
90.47160.0477-0.12970.1762-0.17360.18620.0378-0.11330.00630.02030.006-0.0733-0.0140.12410.08610.06460.0144-0.01580.2298-0.05590.1820.17124.0814.572
100.26010.1262-0.19630.5131-0.09390.3950.0045-0.02630.0776-0.08210.00070.07070.0139-0.05020.05060.1068-0.0019-0.01920.0932-0.02840.1308-1.96425.1638.492
110.2547-0.1033-0.09560.3091-0.33260.5568-0.05080.2684-0.2757-0.70270.0633-0.19550.4231-0.01210.26210.751-0.02310.05980.2426-0.11430.31636.4620.931-22.413
120.16440.12070.02420.0890.02130.05560.0010.1483-0.0819-0.34060.026-0.43050.04280.18040.11150.36170.07340.19490.217-0.0190.383119.48329.831-16.371
130.0056-0.0339-0.01180.516-0.20910.27640.03610.04330.0244-0.10950.01830.0545-0.1082-0.02380.06820.1537-0.0001-0.01650.10220.01990.18893.37240.11-3.804
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 16:37 )A16 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 38:65 )A38 - 65
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 66:193 )A66 - 193
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 194:232 )A194 - 232
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 233:261 )A233 - 261
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 262:321 )A262 - 321
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 322:398 )A322 - 398
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 399:421 )A399 - 421
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 15:37 )B15 - 37
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 38:193 )B38 - 193
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 194:287 )B194 - 287
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 288:331 )B288 - 331
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 332:422 )B332 - 422

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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