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万見
- PDB-6zic: CRYSTAL STRUCTURE OF RAT PEROXISOMAL MULTIFUNCTIONAL ENZYME TYPE-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zic
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RAT PEROXISOMAL MULTIFUNCTIONAL ENZYME TYPE-1 (RPMFE1) COMPLEXED WITH 3S-HYDROXYBUTANOYL-COA AND NADH
要素Peroxisomal bifunctional enzyme
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / PEROXISOMES (ペルオキシソーム) / BETA-OXIDATION (Β酸化) / HYDRATASE (水和反応) / DEHYDROGENASE (脱水素酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


Beta-oxidation of very long chain fatty acids / intramolecular oxidoreductase activity, transposing C=C bonds / Peroxisomal protein import / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / long-chain-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / 3-ヒドロキシアシルCoAデヒドロゲナーゼ / enoyl-CoA hydratase / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / enoyl-CoA hydratase activity ...Beta-oxidation of very long chain fatty acids / intramolecular oxidoreductase activity, transposing C=C bonds / Peroxisomal protein import / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / long-chain-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / 3-ヒドロキシアシルCoAデヒドロゲナーゼ / enoyl-CoA hydratase / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / NAD+ binding / ペルオキシソーム / enzyme binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase ...3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-HYDROXYBUTANOYL-COENZYME A / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Peroxisomal bifunctional enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wierenga, R.K. / Sridhar, S. / Kiema, T.R.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)731005 フィンランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF RAT PEROXISOMAL MULTIFUNCTIONAL ENZYME TYPE-1 (RPMFE1) COMPLEXED WITH 3S-HYDROXYBUTANOYL-COA AND NADH
著者: Wierenga, R.K. / Sridhar, S. / Kiema, T.R.
履歴
登録2020年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Peroxisomal bifunctional enzyme
BBB: Peroxisomal bifunctional enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,73815
ポリマ－161,8632
非ポリマー3,87513
水4,594255
1
AAA: Peroxisomal bifunctional enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,09910
ポリマ－80,9311
非ポリマー2,1689
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Peroxisomal bifunctional enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6395
ポリマ－80,9311
非ポリマー1,7074
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.637, 127.086, 227.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 Peroxisomal bifunctional enzyme / PBFE / Multifunctional enzyme 1 / MFE1 / Multifunctional protein 1 / MFP1


分子量: 80931.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PEROXISOMES / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ehhadh, Mfe1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P07896, enoyl-CoA hydratase, Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase, 3-ヒドロキシアシルCoAデヒドロゲナーゼ

-
非ポリマー , 5種, 268分子

#2: 化合物 ChemComp-3HC / 3-HYDROXYBUTANOYL-COENZYME A / 3-HYDROXYBUTYRYL-COENZYME A / (S)-3-ヒドロキシブチリルコエンザイムA


分子量: 853.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H42N7O18P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.46 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 125mM MES, pH 6; 18%w/v PEG 4000; 175mM ammonium. Co-crystallized with 2mM CoA.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972957 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月31日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→65.122 Å / Num. obs: 96924 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.58 % / Biso Wilson estimate: 38.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 1.022 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4732 / CC1/2: 0.715 / Rpim(I) all: 0.386 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OMO

5omo


解像度: 2.2→65.121 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.236 / WRfactor Rwork: 0.2 / Average fsc free: 0.9146 / Average fsc work: 0.9293 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.186 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2338 4925 5.086 %
Rwork0.2003 91900 -
all0.202 --
obs-96825 99.476 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 55.296 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.626 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.752 Å2-0 Å2
3---0.874 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→65.121 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11036 0 248 255 11539
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01211620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.541.6415765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.30751447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.24320.978542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.262151947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0671584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.21485
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028772
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.25190
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.27852
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2490
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2520.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2540.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.691.3125779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2131.9637229
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2641.6735841
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0282.4638536
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.3119.30317179
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2570.2893370.2666731X-RAY DIFFRACTION99.7741
2.257-2.3190.2993740.2476536X-RAY DIFFRACTION99.8266
2.319-2.3860.2873440.2376379X-RAY DIFFRACTION99.6
2.386-2.4590.2833380.246110X-RAY DIFFRACTION98.7896
2.459-2.540.2753060.2336022X-RAY DIFFRACTION99.2005
2.54-2.6290.2812830.2295892X-RAY DIFFRACTION100
2.629-2.7280.2492790.2115661X-RAY DIFFRACTION99.8655
2.728-2.840.2763270.2145392X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.9660.2572860.2125197X-RAY DIFFRACTION99.2578
2.966-3.1110.2462690.2164934X-RAY DIFFRACTION98.8975
3.111-3.2790.2182450.2044780X-RAY DIFFRACTION99.8014
3.279-3.4770.2522370.2094511X-RAY DIFFRACTION99.8738
3.477-3.7170.2182600.1974197X-RAY DIFFRACTION99.8879
3.717-4.0150.2252130.1813918X-RAY DIFFRACTION98.6625
4.015-4.3970.1992020.1643697X-RAY DIFFRACTION100
4.397-4.9160.1581760.1443317X-RAY DIFFRACTION99.459
4.916-5.6740.2161590.1752937X-RAY DIFFRACTION99.4859
5.674-6.9450.2911150.2222545X-RAY DIFFRACTION98.848
6.945-9.8040.1641140.1651979X-RAY DIFFRACTION98.9598
9.804-65.120.253610.2391165X-RAY DIFFRACTION97.4563
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.58420.6124-0.40421.7386-1.04741.8363-0.02790.17120.1836-0.04540.0321-0.00470.0141-0.0161-0.00410.58350.0209-0.01970.01730.0060.0216-25.853-9.031-3.125
220.6596-18.58981.555217.447-1.32020.27250.55490.74780.5983-0.5659-0.6328-0.5337-0.23340.1480.07790.6014-0.0815-0.01920.12360.05680.0306-49.893-13.9153.075
34.6213-0.03580.43743.09120.00396.4906-0.0112-0.741.04380.64920.1291-0.1716-0.98480.2072-0.1180.9025-0.04750.03690.143-0.20220.3036-59.6446.18818.064
41.4026-0.3952-0.39411.52420.46573.3531-0.1147-0.2976-0.16120.42520.10280.04060.21950.01090.0120.63080.03580.01190.06540.03490.0189-62.605-22.6123.084
54.18760.76341.5923.55140.45632.49640.16330.4075-0.96070.21590.1312-0.58930.37020.0957-0.29460.641-0.0095-0.02960.0947-0.1530.3224-41.202-13.34995.521
63.17146.24872.420417.29498.76395.3586-0.0472-0.2526-0.38870.39580.063-0.35910.79620.1483-0.01580.7547-0.0543-0.02640.2720.03770.2224-63.213-17.10885.556
74.4512-2.4693-2.19474.89311.38056.14520.13060.3983-0.68470.0645-0.50560.10911.05190.11810.3751.0943-0.0103-0.10930.1116-0.08270.2664-59.218-34.37365.035
80.9822-0.4125-0.30831.98241.10084.78170.22170.179-0.0032-0.4654-0.46150.1798-0.2214-0.86990.23990.76390.0569-0.10310.3069-0.13760.1012-75.316-8.46664.888
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA-4 - 259
2X-RAY DIFFRACTION2ALLAAA260 - 280
3X-RAY DIFFRACTION3ALLAAA281 - 475
4X-RAY DIFFRACTION4ALLAAA476 - 720
5X-RAY DIFFRACTION5ALLBBB0 - 259
6X-RAY DIFFRACTION6ALLBBB260 - 280
7X-RAY DIFFRACTION7ALLBBB281 - 475
8X-RAY DIFFRACTION8ALLBBB476 - 717

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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