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万見
- PDB-6zib: CRYSTAL STRUCTURE OF RAT PEROXISOMAL MULTIFUNCTIONAL ENZYME TYPE-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zib
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RAT PEROXISOMAL MULTIFUNCTIONAL ENZYME TYPE-1 (RPMFE1) COMPLEXED WITH ACETOACETYL-COA AND NADH
要素Peroxisomal bifunctional enzyme
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / PEOXISOMES / BETA OXIDATION (Β酸化) / HYDRATASE (水和反応) / DEHYDROGENASE (脱水素酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


Beta-oxidation of very long chain fatty acids / intramolecular oxidoreductase activity, transposing C=C bonds / Peroxisomal protein import / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / long-chain-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / 3-ヒドロキシアシルCoAデヒドロゲナーゼ / enoyl-CoA hydratase / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / enoyl-CoA hydratase activity ...Beta-oxidation of very long chain fatty acids / intramolecular oxidoreductase activity, transposing C=C bonds / Peroxisomal protein import / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / long-chain-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / 3-ヒドロキシアシルCoAデヒドロゲナーゼ / enoyl-CoA hydratase / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / NAD+ binding / ペルオキシソーム / enzyme binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase ...3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETOACETYL-COENZYME A / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Peroxisomal bifunctional enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wierenga, R.K. / Sridhar, S. / Kiema, T.R.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)731005 フィンランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF RAT PEROXISOMAL MULTIFUNCTIONAL ENZYME TYPE-1 (RPMFE1) COMPLEXED WITH ACETOACETYL-COA AND NADH
著者: Wierenga, R.K. / Sridhar, S. / Kiema, T.R.
履歴
登録2020年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Peroxisomal bifunctional enzyme
BBB: Peroxisomal bifunctional enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,0898
ポリマ－161,8632
非ポリマー3,2266
水1,20767
1
AAA: Peroxisomal bifunctional enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5444
ポリマ－80,9311
非ポリマー1,6133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Peroxisomal bifunctional enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5444
ポリマ－80,9311
非ポリマー1,6133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.937, 127.390, 228.173
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB)

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要素

#1: タンパク質 Peroxisomal bifunctional enzyme / PBFE / Multifunctional enzyme 1 / MFE1 / Multifunctional protein 1 / MFP1


分子量: 80931.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PEROXISOMES / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ehhadh, Mfe1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P07896, enoyl-CoA hydratase, Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase, 3-ヒドロキシアシルCoAデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-CAA / ACETOACETYL-COENZYME A / 3-オキソブチリルCoA / アセトアセチルCoA


分子量: 851.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H40N7O18P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.95 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: MES, pH 6; 16%w/v PEG 4000; 150mM ammonium sulfate. Co-crystallized with 2mM CoA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972957 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月31日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48.88 Å / Num. obs: 51199 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 7.77 % / Biso Wilson estimate: 52.6 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.78 Å / Rmerge(I) obs: 1.092 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4422 / CC1/2: 0.691 / Rpim(I) all: 0.406

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OMO

5omo


解像度: 2.7→48.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / WRfactor Rfree: 0.263 / WRfactor Rwork: 0.226 / Average fsc free: 0.8567 / Average fsc work: 0.8749 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.303 / ESU R Free: 0.371 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2733 2540 4.993 %
Rwork0.2316 48331 -
all0.234 --
obs-50871 94.554 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 72.958 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.068 Å20 Å20 Å2
2---1.042 Å20 Å2
3----5.026 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11074 0 206 67 11347
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01211582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0811.65115725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.06851448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.07121.165541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.798151944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3041581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028756
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.25213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.27775
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2460.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1870.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5821.2715774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0861.9017213
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6661.5875808
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1562.3868507
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.17918.33917054
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0970.0522641
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.770.3241920.3193573X-RAY DIFFRACTION95.5099
2.77-2.8460.3222190.3093481X-RAY DIFFRACTION97.6253
2.846-2.9280.2911730.2793463X-RAY DIFFRACTION97.2713
2.928-3.0180.3411750.2673319X-RAY DIFFRACTION96.8404
3.018-3.1170.2991590.2723232X-RAY DIFFRACTION96.4997
3.117-3.2270.31630.2533039X-RAY DIFFRACTION95.0995
3.227-3.3490.2781430.2382833X-RAY DIFFRACTION90.1545
3.349-3.4850.2841620.2492951X-RAY DIFFRACTION97.8008
3.485-3.640.3461260.2942677X-RAY DIFFRACTION92.7838
3.64-3.8180.4191430.3662537X-RAY DIFFRACTION92.3183
3.818-4.0240.2671210.2252512X-RAY DIFFRACTION95.1228
4.024-4.2680.2631100.2072353X-RAY DIFFRACTION93.4725
4.268-4.5630.1961240.1792101X-RAY DIFFRACTION89.7539
4.563-4.9280.1951060.172143X-RAY DIFFRACTION97.1071
4.928-5.3990.1791000.1771962X-RAY DIFFRACTION95.7733
5.399-6.0350.2931040.21722X-RAY DIFFRACTION93.1633
6.035-6.9680.291660.211454X-RAY DIFFRACTION87.963
6.968-8.5320.2760.1571367X-RAY DIFFRACTION96.5217
8.532-12.0580.197620.1431007X-RAY DIFFRACTION90.8241
12.058-48.880.399160.291605X-RAY DIFFRACTION87.5882
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.57370.841-0.512.1662-0.92811.4358-0.06130.05730.1094-0.03210.0193-0.0559-0.01070.02290.0420.00480.0264-0.00940.337-0.01780.6815.202-9.591-2.869
22.708-0.65170.16422.9085-0.05566.5815-0.1188-0.43370.70910.80430.166-0.162-0.95320.3326-0.04720.6139-0.01820.01880.428-0.12040.8261-27.5975.57317.303
31.66260.1471-0.26162.79130.16364.2765-0.038-0.3983-0.12510.87340.02220.0640.25110.01280.01580.32720.06040.04220.39830.01970.6545-30.252-22.76923.195
43.78110.71721.17792.03650.60952.17690.12420.2638-0.45560.0498-0.0307-0.35060.4310.1053-0.09360.2-0.02420.04470.4332-0.10550.8019-9.125-13.24195.582
53.3443-1.0293-1.74623.3340.27546.6270.27920.4202-0.705-0.5215-0.4942-0.18621.32220.66970.2151.3160.1839-0.04440.6688-0.09471.0276-26.623-33.99465.998
61.2905-0.5301-0.32092.51090.47075.73710.2180.30660.0354-0.8509-0.29620.0966-0.3916-0.55180.07830.69830.0184-0.06030.5806-0.10550.7407-42.243-8.42665.468
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA-4 - 275
2X-RAY DIFFRACTION2ALLAAA276 - 478
3X-RAY DIFFRACTION3ALLAAA479 - 720
4X-RAY DIFFRACTION4ALLBBB0 - 275
5X-RAY DIFFRACTION5ALLBBB276 - 478
6X-RAY DIFFRACTION6ALLBBB479 - 717

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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