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- PDB-6zcz: Crystal structure of receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zcz
タイトルCrystal structure of receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in ternary complex with EY6A Fab and a nanobody.
要素
  • EY6A heavy chain
  • EY6A light chain
  • Nanobodyナノボディ
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / EY6a / RBD / Spike glycoprotein (スパイクタンパク質) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / human neutralizing antibody (中和抗体) / IMMUNE SYSTEM (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
Lama glama (ラマ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Zhou, D. / Zhao, Y. / Fry, E.E. / Ren, J. / Stuart, D.I.
資金援助 英国, 中国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
Wellcome Trust101122/Z/13/Z 英国
CAMS Innovation Fund for Medical Sciences (CIFMS)2018-I2M-2-002 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the neutralization of SARS-CoV-2 by an antibody from a convalescent patient.
著者: Daming Zhou / Helen M E Duyvesteyn / Cheng-Pin Chen / Chung-Guei Huang / Ting-Hua Chen / Shin-Ru Shih / Yi-Chun Lin / Chien-Yu Cheng / Shu-Hsing Cheng / Yhu-Chering Huang / Tzou-Yien Lin / ...著者: Daming Zhou / Helen M E Duyvesteyn / Cheng-Pin Chen / Chung-Guei Huang / Ting-Hua Chen / Shin-Ru Shih / Yi-Chun Lin / Chien-Yu Cheng / Shu-Hsing Cheng / Yhu-Chering Huang / Tzou-Yien Lin / Che Ma / Jiandong Huo / Loic Carrique / Tomas Malinauskas / Reinis R Ruza / Pranav N M Shah / Tiong Kit Tan / Pramila Rijal / Robert F Donat / Kerry Godwin / Karen R Buttigieg / Julia A Tree / Julika Radecke / Neil G Paterson / Piyada Supasa / Juthathip Mongkolsapaya / Gavin R Screaton / Miles W Carroll / Javier Gilbert-Jaramillo / Michael L Knight / William James / Raymond J Owens / James H Naismith / Alain R Townsend / Elizabeth E Fry / Yuguang Zhao / Jingshan Ren / David I Stuart / Kuan-Ying A Huang /
要旨: The COVID-19 pandemic has had an unprecedented health and economic impact and there are currently no approved therapies. We have isolated an antibody, EY6A, from an individual convalescing from COVID- ...The COVID-19 pandemic has had an unprecedented health and economic impact and there are currently no approved therapies. We have isolated an antibody, EY6A, from an individual convalescing from COVID-19 and have shown that it neutralizes SARS-CoV-2 and cross-reacts with SARS-CoV-1. EY6A Fab binds the receptor binding domain (RBD) of the viral spike glycoprotein tightly (K of 2 nM), and a 2.6-Å-resolution crystal structure of an RBD-EY6A Fab complex identifies the highly conserved epitope, away from the ACE2 receptor binding site. Residues within this footprint are key to stabilizing the pre-fusion spike. Cryo-EM analyses of the pre-fusion spike incubated with EY6A Fab reveal a complex of the intact spike trimer with three Fabs bound and two further multimeric forms comprising the destabilized spike attached to Fab. EY6A binds what is probably a major neutralizing epitope, making it a candidate therapeutic for COVID-19.
履歴
登録2020年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22020年8月12日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52021年12月22日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.62024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Spike protein S1
F: Nanobody
H: EY6A heavy chain
L: EY6A light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,95011
ポリマ－87,5274
非ポリマー4237
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7930 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area33900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.867, 177.867, 87.715
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

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要素

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抗体 , 3種, 3分子 FHL

#2: 抗体 Nanobody / ナノボディ


分子量: 16714.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 EY6A heavy chain


分子量: 24346.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 EY6A light chain


分子量: 23315.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 E

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 23150.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 6分子

#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→89 Å / Num. obs: 30147 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 70.64 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.209 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.64→2.69 Å / 冗長度: 5.3 % / Num. unique obs: 1419 / CC1/2: 0.3 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.1_3865精密化
PHENIX1.18.1_3865精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YLA

6yla


解像度: 2.65→35.26 Å / SU ML: 0.4913 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.5005
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2595 1267 4.73 %
Rwork0.2146 25517 -
obs0.2167 26784 89.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 81.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→35.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5819 0 20 0 5839
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00165976
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43548122
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0401890
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00381039
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.95572112
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.760.5185180.4111699X-RAY DIFFRACTION21.76
2.76-2.890.37551320.38192694X-RAY DIFFRACTION83.98
2.89-3.040.35851610.34263137X-RAY DIFFRACTION99.85
3.04-3.230.30911720.30283162X-RAY DIFFRACTION99.94
3.23-3.480.2961430.25373182X-RAY DIFFRACTION99.97
3.48-3.830.27031430.21983188X-RAY DIFFRACTION99.97
3.83-4.380.26521600.18483140X-RAY DIFFRACTION100
4.38-5.510.21861490.16263163X-RAY DIFFRACTION100
5.51-35.260.21871890.17973152X-RAY DIFFRACTION99.85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.70305317429-1.747357933671.254134466154.14405189722-0.3382199210232.398315636660.1000334182310.686095300994-0.700481852612-0.0315689694316-0.03652794439230.7171822117060.435138174546-0.012912491322-0.1302959384860.5361349416070.04032660679120.03169373028980.720957768973-0.1131338100341.42131828322-5.33761003079-43.18932946633.31966659921
24.76727958253-3.095793950110.296696529884.355338256490.1740234328793.065803090570.207187805120.401826020445-0.0933028545132-0.10878408448-0.2301327490260.03667211707810.01621810660960.1927585715760.02698817181450.3148069822240.02645704591580.0212736158350.5230646197140.002059260169020.845453350818-10.1234832261-25.77248692433.73160986101
33.825043999092.663111164051.666944944672.33334872279-0.2143786599725.994046734630.03098322022431.00272282972-0.195361990762-0.249773240214-0.3522736267730.285220194364-0.142550017245-0.730443464430.1883137856310.390147110509-0.00865851232009-0.09391278941110.7636738572710.03602993013770.590877957014-37.9947616386-9.23541479855-22.4844559785
45.670133311981.734745315651.511729723350.5590144453470.9327940180878.935648424610.164827407407-0.51611135823-2.393013379230.3102999652890.3897598383320.3686961295461.326490947310.0527293405663-0.5270068465390.631039144935-0.008679220463910.09075130361280.5171100507240.1727588762171.13410992371-30.9003647404-19.8020483346-15.3302737718
52.870605125390.167283368386-0.9525733303091.329529782030.5984040389223.563406007460.211611155116-0.07831008904220.0166601020861-0.223447544769-0.0833088646828-0.133441659251-0.03793150729890.1034889278820.1048921364140.460399784477-0.02349960678090.1326441412380.978570305110.424249776540.266978396623-27.5805058857-8.28907956072-18.1588527386
60.9845808340580.827157615022-1.176092039065.78521087497-3.02530904092.217591655510.03546941648980.32473978340.458201875074-0.707594226298-0.0888690823955-0.354234156607-0.2431762643720.403657660880.07967962482650.580719369989-0.0801623183406-0.01013505315560.901035125280.4430400163740.361557212955-25.2261262325-4.01252215271-18.4719442598
72.65346096544-3.002068257470.1258253990323.61934263116-0.8918996585285.74489299318-0.09869137508810.01847477124420.1642253962710.104643648795-0.0688257814930.6024992668890.110768305187-0.34015167390.3254725689560.33647509461-0.03681743759320.01710787349950.5788306284820.1098444071871.00081411028-33.0562668391-9.96061668028-10.0349943709
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'E' and (resid 333 through 393 )EA333 - 3931 - 61
22chain 'E' and (resid 394 through 527 )EA394 - 52762 - 195
33chain 'F' and (resid 2 through 17 )FC2 - 171 - 16
44chain 'F' and (resid 18 through 32 )FC18 - 3217 - 31
55chain 'F' and (resid 33 through 39 )FC33 - 3932 - 38
66chain 'F' and (resid 40 through 52 )FC40 - 5239 - 51
77chain 'F' and (resid 53 through 83 )FC53 - 8352 - 82
88chain 'F' and (resid 84 through 91 )FC84 - 9183 - 90
99chain 'F' and (resid 92 through 99 )FC92 - 9991 - 98
1010chain 'F' and (resid 100 through 120 )FC100 - 12099 - 119
1111chain 'F' and (resid 121 through 126 )FC121 - 126120 - 125
1212chain 'H' and (resid 1 through 23 )HD1 - 231 - 23
1313chain 'H' and (resid 24 through 83 )HD24 - 8324 - 83
1414chain 'H' and (resid 84 through 98 )HD84 - 9884 - 98
1515chain 'H' and (resid 99 through 143 )HD99 - 14399 - 138
1616chain 'H' and (resid 144 through 173 )HD144 - 173139 - 168
1717chain 'H' and (resid 174 through 224 )HD174 - 224169 - 219
1818chain 'L' and (resid 1 through 61 )LE1 - 611 - 61
1919chain 'L' and (resid 62 through 90 )LE62 - 9062 - 90
2020chain 'L' and (resid 91 through 114 )LE91 - 11491 - 114
2121chain 'L' and (resid 115 through 129 )LE115 - 129115 - 129
2222chain 'L' and (resid 130 through 183 )LE130 - 183130 - 183
2323chain 'L' and (resid 184 through 215 )LE184 - 215184 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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