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- PDB-6zc2: Crystal structure of RahU protein in complex with TRIS molecule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zc2
タイトルCrystal structure of RahU protein in complex with TRIS molecule
要素RahU proteinラーフ
キーワードTOXIN (毒素) / Aegerolysin / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / RahU protein (ラーフ) / protein-membrane interaction
機能・相同性Hemolysin, aegerolysin type / Aegerolysin / hemolysis by symbiont of host erythrocytes / glycolipid binding / Aegerolysin
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.13 Å
データ登録者Podobnik, M. / Anderluh, G. / Lenarcic, T.
資金援助 スロベニア, 1件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-0391 スロベニア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of RahU, an aegerolysin protein from the human pathogen Pseudomonas aeruginosa, and its interaction with membrane ceramide phosphorylethanolamine.
著者: Kocar, E. / Lenarcic, T. / Hodnik, V. / Panevska, A. / Huang, Y. / Bajc, G. / Kostanjsek, R. / Naren, A.P. / Macek, P. / Anderluh, G. / Sepcic, K. / Podobnik, M. / Butala, M.
履歴
登録2020年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RahU protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,93611
ポリマ－15,2561
非ポリマー68110
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint33 kcal/mol
Surface area6830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.338, 48.112, 40.422
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.160, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-441-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RahU protein / ラーフ


分子量: 15255.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA0122 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I710
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Tris/HCl pH 8.5, PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月30日
詳細: a vertical collimating mirror, a double-crystal Si(111) monochromator, a bendable focussing mirror
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→41.463 Å / Num. obs: 59138 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.258 % / Biso Wilson estimate: 9.94 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rrim(I) all: 0.042 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 17.19 / Num. measured all: 192688
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.12-1.193.020.3862.9528083960493000.8990.46896.8
1.19-1.273.2740.2225.2129382903589730.9540.26599.3
1.27-1.373.220.147.9726916842783600.9780.16899.2
1.37-1.53.0990.08512.1123929777677220.990.10399.3
1.5-1.683.4940.05120.0324469704470040.9960.0699.4
1.68-1.943.450.03726.9421312621061780.9980.04399.5
1.94-2.383.1390.02835.4116483528552510.9980.03499.4
2.38-3.363.4310.02543.2313982410940750.9990.02999.2
3.36-41.4633.5750.02349.938132230922750.9990.02798.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.13 Å41.46 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1精密化
XSCALEJan 26, 2018データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSJan 26, 2018データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OEB

4oeb


解像度: 1.13→41.463 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 14.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1563 1999 3.38 %
Rwork0.1387 57134 -
obs0.1392 59133 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 67.67 Å2 / Biso mean: 15.9176 Å2 / Biso min: 7.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.13→41.463 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1034 0 44 149 1227
Biso mean--27.47 28.44 -
残基数----137
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051151
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7561565
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078169
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005199
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2609
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.13-1.15830.31811390.2857397598
1.1583-1.18960.21021440.1888410199
1.1896-1.22460.17641420.1666405999
1.2246-1.26420.18571410.1568404999
1.2642-1.30930.15611430.1294406699
1.3093-1.36180.1371420.1272406899
1.3618-1.42380.14871430.1247407099
1.4238-1.49880.14781430.1154407599
1.4988-1.59270.13341420.10914086100
1.5927-1.71570.11831430.1124071100
1.7157-1.88840.11861440.11964117100
1.8884-2.16160.16021440.12974109100
2.1616-2.72330.15531440.1473411499
2.7233-41.4630.17071450.1472417499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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