PDB-6za8: Crystal structure of the neurotensin receptor 1 in complex with t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6za8

タイトル

Crystal structure of the neurotensin receptor 1 in complex with the small-molecule partial agonist RTI-3a

要素

Neurotensin receptor type 1,Neurotensin receptor type 1,Neurotensin receptor 1 (NTSR1),Neurotensin receptor 1 (NTSR1),Neurotensin receptor type 1,Neurotensin receptor 1 (NTSR1),Neurotensin receptor 1 (NTSR1)

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPCR-ligand complex / rNTSR1 / RTI-3a /

partial agonist

機能・相同性

機能・相同性情報

Peptide ligand-binding receptors / G protein-coupled neurotensin receptor activity / inositol phosphate catabolic process / symmetric synapse / D-aspartate import across plasma membrane / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / L-glutamate import across plasma membrane / positive regulation of arachidonic acid secretion / neuron spine / regulation of respiratory gaseous exchange ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.72 Å

データ登録者

Deluigi, M. / Klipp, A. / Hilge, M. / Merklinger, L. / Klenk, C. / Plueckthun, A.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Complexes of the neurotensin receptor 1 with small-molecule ligands reveal structural determinants of full, partial, and inverse agonism.
著者: Deluigi, M. / Klipp, A. / Klenk, C. / Merklinger, L. / Eberle, S.A. / Morstein, L. / Heine, P. / Mittl, P.R.E. / Ernst, P. / Kamenecka, T.M. / He, Y. / Vacca, S. / Egloff, P. / Honegger, A. / Pluckthun, A.

履歴

登録	2020年6月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年3月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6za8.cif.gz	176.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6za8.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6za8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/6za8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/6za8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yvrSC 6z4qC 6z4sC 6z4vC 6z66C 6z8nC 6zinC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z66-d 3gpn-1 6z8n-d 4jbk-2 2qv7-2 1jpw-2 5ny0-1 3oux-d 1jpw-1 4bwe-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (5) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (5) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (5) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (5) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (5) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (5) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (5)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

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「今月の分子」の関連する項目

#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (6)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (5)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (5)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (5)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (5)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (5)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (5)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Neurotensin receptor type 1,Neurotensin receptor type 1,Neurotensin receptor 1 (NTSR1),Neurotensin receptor 1 (NTSR1),Neurotensin receptor type 1,Neurotensin receptor 1 (NTSR1),Neurotensin receptor 1 (NTSR1)

ヘテロ分子

53.6 kDa, 1 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.468, 211.197, 93.703
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Neurotensin receptor type 1,Neurotensin receptor type 1,Neurotensin receptor 1 (NTSR1),Neurotensin receptor 1 (NTSR1),Neurotensin receptor type 1,Neurotensin receptor 1 (NTSR1),Neurotensin receptor 1 (NTSR1) / NTR1 / High-affinity levocabastine-insensitive neurotensin receptor / NTRH 分子量: 53089.223 Da / 分子数: 1 変異: S83G,A86L,T101R,H103D,H105Y,L119F,M121L,E124D,R143K,D150E,A161V,R167L,R213L,V234L,K235R,V240L,I253A,I260A,N262R,K263R,H305R,C332V,F342A,T354S,F358V,S362A 由来タイプ: 組換発現詳細: Residues 59-371 represent the rat neurotensin receptor 1 mutant H4 (NTSR1-H4). Residues 273 to 290 were deleted for crystallisation purposes. Residues 372 to 380 form a linker connecting ...詳細: Residues 59-371 represent the rat neurotensin receptor 1 mutant H4 (NTSR1-H4). Residues 273 to 290 were deleted for crystallisation purposes. Residues 372 to 380 form a linker connecting NTSR1 with the DARPin crystallisation chaperone. Residues 381 to 536 represent the DARPin crystallisation chaperone that is related to 5LW2. Residues 537 to 539 represent a short linker connecting the DARPin crystallisation chaperone with the HRV 3C protease recognition sequence. Residues 540 to 543 are part of the HRV 3C protease recognition sequence visible in the electron density. 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ntsr1, Ntsr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20789
#2: 化合物	ChemComp-SR5 / (2~{S})-2-[[1-(7-chloranylquinolin-4-yl)-5-(2,6-dimethoxyphenyl)pyrazol-3-yl]carbonylamino]-4-methyl-pentanoic acid 分子量: 522.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₇ClN₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.24 %
結晶化	温度: 293.1 K / 手法: 脂質キュービック相法詳細: 100 mM HEPES 385-550 mM Na citrate 30-32% (v/v) PEG400 10 uM RTI-3a PH範囲: 6.6 - 7.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99998 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.72→29.64 Å / Num. obs: 13577 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.975 / R_merge(I) obs: 0.259 / R_pim(I) all: 0.106 / R_rim(I) all: 0.281 / Net I/σ(I): 5.2
反射シェル	解像度: 2.72→3.014 Å / R_merge(I) obs: 2.395 / Num. unique obs: 679 / CC_1/2: 0.435 / R_pim(I) all: 0.913 / R_rim(I) all: 2.571
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6YVR

6yvr

解像度: 2.72→29.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.873 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.867 / WR_factor R_free: 0.32 / WR_factor R_work: 0.294 / SU B: 19.486 / SU ML: 0.364 / Average fsc free: 0.8361 / Average fsc work: 0.8489 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.489 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3001	656	4.837 %
R_work	0.2815	12905	-
all	0.282	-	-
obs	-	13561	65.072 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.142 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.908 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.778 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.72→29.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3313	0	37	0	3350

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	3439
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3122
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.165	1.616	4724
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.107	1.572	7122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.388	5	448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.019	22.518	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.271	15	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.99	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.034	0.2	471
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	4053
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	743
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.176	0.2	796
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.167	0.2	2791
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1455
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.18	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.244	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.01	5.724	1803
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.008	5.724	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.814	8.581	2247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.814	8.581	2248
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.745	5.663	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.744	5.663	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.372	8.484	2477
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.372	8.484	2478
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.045	106.307	14477
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.044	106.304	14478

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.72-2.791	0.727	3	0.467	47	X-RAY DIFFRACTION	3.3091
2.791-2.867	0.26	9	0.401	140	X-RAY DIFFRACTION	10.0676
2.867-2.95	0.452	13	0.4	234	X-RAY DIFFRACTION	16.9876
2.95-3.041	0.351	7	0.35	346	X-RAY DIFFRACTION	25.2504
3.041-3.14	0.443	24	0.365	426	X-RAY DIFFRACTION	33.7584
3.14-3.251	0.306	37	0.34	650	X-RAY DIFFRACTION	51.4992
3.251-3.373	0.393	47	0.333	780	X-RAY DIFFRACTION	65.8439
3.373-3.511	0.361	45	0.318	1000	X-RAY DIFFRACTION	85.3061
3.511-3.667	0.272	53	0.307	1113	X-RAY DIFFRACTION	98.8974
3.667-3.845	0.287	58	0.286	1061	X-RAY DIFFRACTION	99.4667
3.845-4.053	0.307	55	0.275	1026	X-RAY DIFFRACTION	99.2654
4.053-4.299	0.273	41	0.265	970	X-RAY DIFFRACTION	99.7041
4.299-4.595	0.285	45	0.247	906	X-RAY DIFFRACTION	99.895
4.595-4.962	0.289	42	0.258	850	X-RAY DIFFRACTION	99.6648
4.962-5.435	0.41	43	0.278	793	X-RAY DIFFRACTION	98.9349
5.435-6.074	0.279	40	0.332	709	X-RAY DIFFRACTION	99.2053
6.074-7.01	0.279	31	0.318	637	X-RAY DIFFRACTION	98.6706
7.01-8.576	0.302	30	0.236	540	X-RAY DIFFRACTION	98.7868
8.576-12.088	0.188	20	0.192	437	X-RAY DIFFRACTION	99.3478
12.088-29.64	0.268	13	0.345	240	X-RAY DIFFRACTION	90.3571

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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