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- PDB-2qv7: Crystal Structure of Diacylglycerol Kinase DgkB in complex with A... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2qv7 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Diacylglycerol Kinase DgkB in complex with ADP and Mg | ||||||
![]() | Diacylglycerol Kinase DgkB | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() diacylglycerol kinase (ATP) / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / phospholipid biosynthetic process / ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Miller, D.J. / Jerga, A. / Rock, C.O. / White, S.W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Analysis of the Staphylococcus aureus DgkB Structure Reveals a Common Catalytic Mechanism for the Soluble Diacylglycerol Kinases. Authors: Miller, D.J. / Jerga, A. / Rock, C.O. / White, S.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 73.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 58.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 37899.238 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-MG / |
#3: Chemical | ChemComp-ADP / ![]() |
#4: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 48.93 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.5 Details: drop: 0.1 M Tris pH 8.5, 9% PEG2K MME; well: 0.1 M Tris pH 8.5, 18% PEG2K MME, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 170 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 14, 2007 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si-220 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.3→30 Å / Num. all: 17025 / Num. obs: 16997 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 12.2 % / Rsym value: 0.128 / Net I/σ(I): 24.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.38 Å / Redundancy: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 1667 / % possible all: 99.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() Resolution: 2.3→29.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 10.497 / SU ML: 0.156 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.312 / ESU R Free: 0.228 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.138 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→29.17 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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