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Yorodumi- PDB-6za7: Structure of the apo transcriptional repressor Atu1419 (VanR) fro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6za7 | ||||||
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Title | Structure of the apo transcriptional repressor Atu1419 (VanR) from agrobacterium fabrum | ||||||
Components | Transcriptional regulator, GntR familyTranscriptional regulation | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / repressor | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Agrobacterium fabrum str. C58 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.34 Å | ||||||
Authors | Morera, S. / Vigouroux, A. / Legrand, P. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2021 Title: Characterization of the first tetrameric transcription factor of the GntR superfamily with allosteric regulation from the bacterial pathogen Agrobacterium fabrum. Authors: Vigouroux, A. / Meyer, T. / Naretto, A. / Legrand, P. / Aumont-Nicaise, M. / Di Cicco, A. / Renoud, S. / Dore, J. / Levy, D. / Vial, L. / Lavire, C. / Morera, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6za7.cif.gz | 376.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6za7.ent.gz | 311.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6za7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/6za7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/6za7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6z74SC 6za0C 6za3C 6zabC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 27407.182 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Agrobacterium fabrum str. C58 (bacteria) Gene: Atu1419 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A9CJ36 |
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-Non-polymers , 5 types, 91 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-PEG / | #5: Chemical | ChemComp-SO4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: PEG 4000, AS, Tris-HCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.97934 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 9M / Detector: PIXEL / Date: Mar 19, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.34→43.38 Å / Num. obs: 47646 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 63.34 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 13 |
Reflection shell | Resolution: 2.34→2.41 Å / Num. unique obs: 3255 / CC1/2: 0.696 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6Z74 Resolution: 2.34→43.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU R Cruickshank DPI: 0.622 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.539 / SU Rfree Blow DPI: 0.26 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.27
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Displacement parameters | Biso max: 208.22 Å2 / Biso mean: 73.38 Å2 / Biso min: 28.79 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.34→43.38 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.34→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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