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万見
- PDB-6za4: M. tuberculosis salicylate synthase MbtI in complex with 5-(3-cya... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6za4
タイトルM. tuberculosis salicylate synthase MbtI in complex with 5-(3-cyanophenyl)furan-2-carboxylate
要素Salicylate synthase
キーワードLYASE (リアーゼ) / salicylate (サリチル酸) / isochorismate / chorismate (コリスミ酸) / mycobactins
機能・相同性
機能・相同性情報


isochorismate lyase / isochorismate pyruvate lyase activity / catechol-containing siderophore biosynthetic process / イソコリスミ酸シンターゼ / isochorismate synthase activity / oxo-acid-lyase activity / salicylic acid biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / chorismate mutase / chorismate mutase activity ...isochorismate lyase / isochorismate pyruvate lyase activity / catechol-containing siderophore biosynthetic process / イソコリスミ酸シンターゼ / isochorismate synthase activity / oxo-acid-lyase activity / salicylic acid biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / chorismate mutase / chorismate mutase activity / response to host immune response / tryptophan biosynthetic process / magnesium ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Salicylate synthase / アントラニル酸シンターゼ / アントラニル酸シンターゼ / Anthranilate synthase component I-like / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal / chorismate binding enzyme / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(3-cyanophenyl)furan-2-carboxylic acid / Salicylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.092 Å
データ登録者Mori, M. / Villa, S. / Meneghetti, F. / Bellinzoni, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Shedding X-ray Light on the Role of Magnesium in the Activity ofMycobacterium tuberculosisSalicylate Synthase (MbtI) for Drug Design.
著者: Mori, M. / Stelitano, G. / Gelain, A. / Pini, E. / Chiarelli, L.R. / Sammartino, J.C. / Poli, G. / Tuccinardi, T. / Beretta, G. / Porta, A. / Bellinzoni, M. / Villa, S. / Meneghetti, F.
履歴
登録2020年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年7月22日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / citation_author / software
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _software.name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Salicylate synthase
B: Salicylate synthase
C: Salicylate synthase
D: Salicylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,9149
ポリマ－196,0264
非ポリマー8885
水15,817878
1
A: Salicylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2202
ポリマ－49,0061
非ポリマー2131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Salicylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2553
ポリマ－49,0061
非ポリマー2492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Salicylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2202
ポリマ－49,0061
非ポリマー2131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Salicylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2202
ポリマ－49,0061
非ポリマー2131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.336, 111.687, 94.998
Angle α, β, γ (deg.)90, 92.67, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Salicylate synthase / / Chorismate mutase / CM / Isochorismate synthase/isochorismate lyase / Mycobactin synthase protein


分子量: 49006.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: mbtI, trpE2, Rv2386c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WFX1, chorismate mutase, isochorismate lyase, イソコリスミ酸シンターゼ
#2: 化合物
ChemComp-M83 / 5-(3-cyanophenyl)furan-2-carboxylic acid


分子量: 213.189 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H7NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 878 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M Na tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.092→111.687 Å / Num. obs: 108510 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.092→2.128 Å / Num. unique obs: 5396 / CC1/2: 0.803 / Rpim(I) all: 0.356

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RV7

3rv7


解像度: 2.092→94.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU R Cruickshank DPI: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.22 / SU Rfree Blow DPI: 0.177 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.178
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2403 5425 -RANDOM
Rwork0.2082 ---
obs0.2098 108510 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7682 Å20 Å22.2624 Å2
2---8.5574 Å20 Å2
3---6.7892 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.092→94.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12651 0 65 878 13594
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00812981HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8917662HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5965SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2244HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12981HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1726SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11489SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.5
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.42
LS精密化 シェル解像度: 2.092→2.11 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2603 114 -
Rwork0.2359 --
obs--99.86 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7118-0.44890.12750.88580.5292.6508-0.03650.0950.01070.0950.1102-0.0310.0107-0.031-0.0737-0.2966-0.0226-0.0036-0.2028-0.0697-0.257340.5124-6.681128.7979
21.1845-0.5409-0.14441.58740.02521.10750.0469-0.0609-0.0753-0.0609-0.0283-0.0883-0.0753-0.0883-0.0186-0.2272-0.00940.0207-0.2793-0.0154-0.21531.9256-39.420720.2739
33.00811.56320.10052.44730.43762.4604-0.0975-0.0413-0.2951-0.04130.17160.0005-0.29510.0005-0.0741-0.3461-0.02860.0244-0.22940.0289-0.2348-2.681512.889722.838
41.40820.1317-0.03551.2958-0.36581.820.023-0.00290.0689-0.0029-0.0585-0.17340.0689-0.17340.0355-0.24760.0076-0.0041-0.2219-0.0285-0.220448.7209-10.0714-15.5831
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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