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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6za1 | |||||||||
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タイトル | Structure of [NiFeSe] hydrogenase G491A variant from Desulfovibrio vulgaris Hildenborough pressurized with Oxygen gas - structure G491A-O2-hd | |||||||||
![]() | (Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, ...) x 2 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zacarias, S. / Temporao, A. / Carpentier, P. / van der Linden, P. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Exploring the gas access routes in a [NiFeSe] hydrogenase using crystals pressurized with krypton and oxygen. 著者: Zacarias, S. / Temporao, A. / Carpentier, P. / van der Linden, P. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 538.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 366.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6z7rC ![]() 6z8jC ![]() 6z8mC ![]() 6z8oC ![]() 6z9gC ![]() 6z9oC ![]() 5jskS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 30261.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: hysB, DVU_1917 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q72AS4, ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 53365.086 Da / 分子数: 1 / Mutation: G491A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: hysA, DVU_1918 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q72AS3, ![]() |
-非ポリマー , 9種, 341分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/6ML.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/FCO.gif)
![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/H2S.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/6ML.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/FCO.gif)
![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/H2S.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-6ML / | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | ![]() #6: 化合物 | ChemComp-OXY / ![]() #7: 化合物 | ChemComp-FCO / | #8: 化合物 | ChemComp-NI / | ![]() #9: 化合物 | ChemComp-FE2 / | #10: 化合物 | ![]() #11: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.92 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 20% PEG 1500 (w/v) and 0.1 mM Tris-HCl pH 7.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.37→104.4 Å / Num. obs: 115312 / % possible obs: 77.8 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.37→1.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 5766 / CC1/2: 0.566 / Rpim(I) all: 0.459 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5JSK 解像度: 1.37→50.95 Å / SU ML: 0.1188 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.9533 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.37→50.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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