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万見
- PDB-6z8j: Structure of [NiFeSe] hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris hil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z8j
タイトルStructure of [NiFeSe] hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris hildenborough pressurized with Oxygen gas - structure wtO2
要素(Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Hydrogenase (ヒドロゲナーゼ) / Selenium (セレン) / gas channels / high-pressure derivatization
機能・相同性
機能・相同性情報


シトクロムc3ヒドロゲナーゼ / フェレドキシンヒドロゲナーゼ / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / 嫌気呼吸 / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...シトクロムc3ヒドロゲナーゼ / フェレドキシンヒドロゲナーゼ / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / 嫌気呼吸 / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ペリプラズム / electron transfer activity / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
[NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase ...[NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
oxygen-damaged SF4 / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON / : / 硫化水素 / NICKEL (II) ION / OXYGEN MOLECULE / 鉄・硫黄クラスター / Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing / シトクロムc3ヒドロゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.09 Å
データ登録者Zacarias, S. / Temporao, A. / Carpentier, P. / van der Linden, P. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M.
資金援助 ポルトガル, 2件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/BBB-BEP/2885/2014 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaLISBOA-01-0145-FEDER-007660 ポルトガル
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2020
タイトル: Exploring the gas access routes in a [NiFeSe] hydrogenase using crystals pressurized with krypton and oxygen.
著者: Zacarias, S. / Temporao, A. / Carpentier, P. / van der Linden, P. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M.
履歴
登録2020年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit
B: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing
C: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit
D: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,23928
ポリマ－167,2894
非ポリマー3,94924
水18,2491013
1
A: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit
B: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,71115
ポリマ－83,6452
非ポリマー2,06713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9130 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area24490 Å2
手法PISA
2
C: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit
D: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,52713
ポリマ－83,6452
非ポリマー1,88311
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8750 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area24170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.864, 93.988, 98.612
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.158, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit


分子量: 30261.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / 遺伝子: hysB, DVU_1917
発現宿主: Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
参照: UniProt: Q72AS4, フェレドキシンヒドロゲナーゼ
#2: タンパク質 Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing


分子量: 53383.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / 遺伝子: hysA, DVU_1918
発現宿主: Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
参照: UniProt: Q72AS3, フェレドキシンヒドロゲナーゼ

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非ポリマー , 10種, 1037分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-6ML / oxygen-damaged SF4


分子量: 383.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4O2S4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON


分子量: 135.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2O
#7: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#8: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#9: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素 / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#10: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド / 酸素


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#12: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1013 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.7 % / 解説: thin plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 20% PEG 1500 (w/v) and 0.1 mM Tris-HCl pH 7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.09→98.5 Å / Num. obs: 354735 / % possible obs: 62.9 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 9.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 1.09→1.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 17734 / CC1/2: 0.658 / Rpim(I) all: 0.423 / % possible all: 15.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JSK

5jsk


解像度: 1.09→42.41 Å / SU ML: 0.093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.86 / 位相誤差: 19.6961
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: Hydrogen atoms were included in calculated positions, solvent molecules were added manually in COOT using 2|Fo|-|Fc| and |Fo|-|Fc| maps; occupancy factors were refined for disordered residues ...詳細: Hydrogen atoms were included in calculated positions, solvent molecules were added manually in COOT using 2|Fo|-|Fc| and |Fo|-|Fc| maps; occupancy factors were refined for disordered residues and the O2 molecules; anomalous dispersion parameters were refined for the selenium atom in Sec 489; anisotropic atomic displacement parameters were refined for all non-hydrogen and non-solvent atoms.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.164 28327 5.03 %
Rwork0.1399 535077 -
obs0.1411 354714 50.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 14.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.09→42.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11678 0 118 1013 12809
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007812285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.084516725
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081819
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00692167
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.33584609
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.09-1.10.3139430.25281077X-RAY DIFFRACTION3
1.1-1.120.3011960.25651989X-RAY DIFFRACTION5.58
1.12-1.130.27561620.2543100X-RAY DIFFRACTION8.79
1.13-1.140.31022660.24374623X-RAY DIFFRACTION13.08
1.14-1.160.23863290.24346509X-RAY DIFFRACTION18.34
1.16-1.170.25214260.23868060X-RAY DIFFRACTION22.68
1.17-1.190.27415010.24299368X-RAY DIFFRACTION26.53
1.19-1.210.26055370.237710418X-RAY DIFFRACTION29.31
1.21-1.230.24836380.229311613X-RAY DIFFRACTION32.72
1.23-1.250.25027170.227913667X-RAY DIFFRACTION38.55
1.25-1.270.24697630.221415009X-RAY DIFFRACTION42.28
1.27-1.290.24828540.218316300X-RAY DIFFRACTION45.95
1.29-1.320.23648640.209617563X-RAY DIFFRACTION49.43
1.32-1.340.23769890.20418511X-RAY DIFFRACTION52.25
1.34-1.370.233710980.196719412X-RAY DIFFRACTION55.01
1.37-1.410.218710460.189220351X-RAY DIFFRACTION57.23
1.41-1.440.206511530.180921275X-RAY DIFFRACTION60.07
1.44-1.480.208311460.170621592X-RAY DIFFRACTION60.91
1.48-1.520.183213670.160724102X-RAY DIFFRACTION68.26
1.52-1.570.17914210.148926381X-RAY DIFFRACTION74.54
1.57-1.630.17313880.140326622X-RAY DIFFRACTION74.73
1.63-1.690.159314000.134626384X-RAY DIFFRACTION74.57
1.69-1.770.152113790.12726382X-RAY DIFFRACTION74.32
1.77-1.860.148214090.125426206X-RAY DIFFRACTION73.98
1.86-1.980.146813690.121625267X-RAY DIFFRACTION71.37
1.98-2.130.13713320.11324589X-RAY DIFFRACTION69.35
2.13-2.350.140614410.112527589X-RAY DIFFRACTION77.7
2.35-2.690.144614880.117227550X-RAY DIFFRACTION77.85
2.69-3.390.150713690.132826862X-RAY DIFFRACTION75.68
3.39-42.410.144413360.126926706X-RAY DIFFRACTION75.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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