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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z7o | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Thioredoxin T from Drosophila melanogaster | ||||||
要素 | Thioredoxin-T | ||||||
キーワード | NUCLEAR PROTEIN / Thioredoxin-T / Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) / Oxidoreductase (酸化還元酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycerol ether metabolic process / disulfide oxidoreductase activity / : / Y染色体 / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / フォールディング / oxidoreductase activity / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å | ||||||
データ登録者 | Freier, R. / Aragon, E. / Baginski, B. / Pluta, R. / Martin-Malpartida, P. / Torner, C. / Gonzaez, C. / Macias, M. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: Iucrj / 年: 2021 タイトル: Structures of the germline-specific Deadhead and thioredoxin T proteins from Drosophila melanogaster reveal unique features among thioredoxins. 著者: Freier, R. / Aragon, E. / Baginski, B. / Pluta, R. / Martin-Malpartida, P. / Ruiz, L. / Condeminas, M. / Gonzalez, C. / Macias, M.J. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020 タイトル: Structures of the germline-specific Deadhead and Thioredoxin T proteins from Drosophila melanogaster reveal unique features among Thioredoxins 著者: Freier, R. / Aragon, E. / Baginski, B. / Pluta, R. / Martin-Malpartida, P. / Ruiz, L. / Condeminas, M. / Gonzaez, C. / Macias, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6z7o.cif.gz | 61.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6z7o.ent.gz | 42.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6z7o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/6z7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/6z7o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17515.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: C-terminus from 107 to 124 (GVYTDEAADVKAVHIDGE) and 129 to 157(LTAESSESDNDNNNVNEVSAHDENAVLEH) not modeled 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: TrxT, CG3315 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IFW4 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.86 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 15.0% w/v PEG 4000, 0.2 M potassium bromide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.872899 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月3日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.872899 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.32→35.08 Å / Num. obs: 6247 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 31.19 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.219 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.233 / Net I/σ(I): 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1XWA 解像度: 2.33→33.672 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.48 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.32 Å2 / Biso mean: 34.4913 Å2 / Biso min: 14.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.33→33.672 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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