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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ywr | ||||||
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タイトル | Structure of Chloroflexus aggregans flavin based fluorescent protein (CagFbFP) Q148H variant (space group C2) | ||||||
要素 | Multi-sensor hybrid histidine kinase | ||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / LOV domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular hyperosmotic response / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / nucleotide binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chloroflexus aggregans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Remeeva, A. / Nazarenko, V. / Kovalev, K. / Gushchin, I. | ||||||
資金援助 | ロシア, 1件
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引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2021 タイトル: Insights into the mechanisms of light-oxygen-voltage domain color tuning from a set of high-resolution X-ray structures. 著者: Remeeva, A. / Nazarenko, V.V. / Kovalev, K. / Goncharov, I.M. / Yudenko, A. / Astashkin, R. / Gordeliy, V. / Gushchin, I. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021 タイトル: Insights into the mechanisms of LOV domain color tuning from a set of high-resolution X-ray structures 著者: Remeeva, A. / Nazarenko, V.V. / Kovalev, K. / Goncharov, I. / Yudenko, A. / Astashkin, R. / Gordeliy, V. / Gushchin, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ywr.cif.gz | 64.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ywr.ent.gz | 45.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ywr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/6ywr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/6ywr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12410.900 Da / 分子数: 2 / 変異: Q148H / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chloroflexus aggregans (strain MD-66 / DSM 9485) (バクテリア) 株: MD-66 / DSM 9485 / 遺伝子: Cagg_3753 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8GAY9 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.5 M Lithium sulfate monohydrate, 15% w/v PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月16日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→54.87 Å / Num. obs: 35488 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 114941 / Scaling rejects: 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6rhf 解像度: 1.5→54.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.43 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.075 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 65.55 Å2 / Biso mean: 16.478 Å2 / Biso min: 8.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→54.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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