PDB-6yw9: Arabidopsis aspartate transcarbamoylase mutant F161A complex with PALA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yw9

タイトル

Arabidopsis aspartate transcarbamoylase mutant F161A complex with PALA

要素

PYRB

キーワード

PLANT PROTEIN (植物) /

Transferase (転移酵素) /

chloroplast (葉緑体) / pyrimidine de novo biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

アスパラギン酸カルバモイルトランスフェラーゼ /

aspartate carbamoyltransferase activity / cellular response to phosphate starvation / amino acid metabolic process /

葉緑体 /

amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process /

葉緑体
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Ramon Maiques, S. / Del Cano Ochoa, F. / Bellin, L. / Mohlmann, T.

資金援助

スペイン,

ドイツ, 4件

組織	認可番号	国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	BFU2016-80570-R	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	RTI2018-098084-B-100	スペイン
German Research Foundation (DFG)	Mo 1032/4-1)	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	IRTG 1830	ドイツ

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Mechanisms of feedback inhibition and sequential firing of active sites in plant aspartate transcarbamoylase.
著者: Bellin, L. / Del Cano-Ochoa, F. / Velazquez-Campoy, A. / Mohlmann, T. / Ramon-Maiques, S.

履歴

登録	2020年4月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yw9.cif.gz	466.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yw9.ent.gz	312.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yw9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/6yw9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/6yw9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ypoC 6ys6SC 6yspC 6yvbC 6ywjC 6yy1C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kzo-1 4jqo-d 4rhj-3 6ys6-d 2otc-1 5g1n-2 3l05-1 6pnz-d 2g7m-1 2otc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: PYRB

B: PYRB

C: PYRB

ヘテロ分子

112 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, SEC-MALS

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.271, 98.283, 138.775
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	PYRB 分子量: 37112.391 Da / 分子数: 3 / 変異: F161A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AXX17_At3g21670 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A178VJE3, UniProt: P49077*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PAL / N-(PHOSPHONACETYL)-L-ASPARTIC ACID / PALA 分子量: 255.119 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀NO₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 749 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: Protein at 5 mg/ml in buffer 20 mM Tris pH 7.0, 0.1 M NaCl, 2% glycerol, 0.2 mM tris(2-carboxyethyl) phosphine (TCEP) and with 2 mM PALA. Crystallization solution: 25% PEG3350, 0.2 M Li2SO4 ...詳細: Protein at 5 mg/ml in buffer 20 mM Tris pH 7.0, 0.1 M NaCl, 2% glycerol, 0.2 mM tris(2-carboxyethyl) phosphine (TCEP) and with 2 mM PALA. Crystallization solution: 25% PEG3350, 0.2 M Li2SO4 and 0.1 M bis-tris pH 5.5. Crystals were cryo-protected by soaking in a solution containing the mother liquor supplemented with 20% glycerol and the 2 mM PALA.

結晶

マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.88 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Protein at 5 mg/ml in buffer 20 mM Tris pH 7.0, 0.1 M NaCl, 2% glycerol, 0.2 mM tris(2-carboxyethyl) phosphine (TCEP) and with 2 mM PALA. Crystallization solution: 25% PEG3350, 0.2 M Li2SO4 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→46.32 Å / Num. obs: 125454 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 23.55 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 18.4
反射シェル	解像度: 1.68→1.71 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6151 / CC_1/2: 0.701 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6YS6

6ys6

解像度: 1.68→46.3 Å / SU ML: 0.198 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.8802

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1744	6278	5.01 %
R_work	0.1513	-	-
obs	0.1525	125363	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→46.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7320	0	54	749	8123

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0102	7804
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1252	10586
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1198
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0067	1377
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.0036	7658

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.7	0.3108	229	0.2871	3898	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.7-1.72	0.2698	206	0.2661	3918	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.72-1.74	0.2813	216	0.2562	3947	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.76	0.2511	215	0.2241	3908	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.76-1.79	0.2528	217	0.2156	3968	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.81	0.2324	192	0.2003	3894	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.81-1.84	0.2175	204	0.1913	3897	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.84-1.86	0.2222	201	0.1754	4002	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.1975	232	0.1745	3891	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.89-1.92	0.2227	194	0.1674	3935	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.96	0.1987	226	0.1606	3959	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-1.99	0.2017	206	0.168	3861	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.03	0.1934	232	0.1659	3954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.07	0.1846	210	0.1566	3946	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.12	0.1731	199	0.1475	3958	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.17	0.1681	207	0.1442	3975	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.22	0.1733	224	0.1421	3906	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.22-2.28	0.1674	182	0.1388	3994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.35	0.1668	203	0.1391	3985	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.35-2.42	0.1791	191	0.1361	3952	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.51	0.1532	212	0.1357	3980	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.51-2.61	0.1708	223	0.137	3955	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.73	0.1543	209	0.1433	3994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.87	0.1605	178	0.1476	3993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.05	0.179	213	0.1422	3985	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.29	0.1755	232	0.1555	3994	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.29-3.62	0.1615	225	0.1427	4025	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.62-4.14	0.1555	195	0.1289	4040	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.14-5.22	0.1344	198	0.1195	4098	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.22-46.3	0.1762	207	0.1835	4273	X-RAY DIFFRACTION	99.76

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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