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Yorodumi- PDB-4jqo: Crystal structure of anabolic ornithine carbamoyltransferase from... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4jqo | |||||||||
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Title | Crystal structure of anabolic ornithine carbamoyltransferase from Vibrio vulnificus in complex with citrulline and inorganic phosphate | |||||||||
Components | Ornithine carbamoyltransferaseOrnithine transcarbamylase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / carbamoyl phosphate / L-ornithine | |||||||||
Function / homology | Function and homology information ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / arginine biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Vibrio vulnificus CMCP6 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.082 Å | |||||||||
Authors | Shabalin, I.G. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Domagalski, M.J. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structures and kinetic properties of anabolic ornithine carbamoyltransferase from human pathogens Vibrio vulnificus and Bacillus anthracis Authors: Shabalin, I.G. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Minor, W. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4jqo.cif.gz | 402.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4jqo.ent.gz | 329.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4jqo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/4jqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/4jqo | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4jfrC 4jhxC 4kwtC 4nf2C 4h31S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 0
NCS ensembles :
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-Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 39641.938 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: anabolic ornithine carbamoyltransferase, monomer Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio vulnificus CMCP6 (bacteria) / Strain: CMCP6 / Gene: argF, VV1_1466 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q8DCF5, ornithine carbamoyltransferase |
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-Non-polymers , 5 types, 446 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PEG / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Protein: 10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 60 mM L-citrulline, 100 mM NaH2PO4, 500 mM NaCl and 5 mM b-mercaptoethanol. Crystallization condition: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 27% w/v PEG 3350, 0. ...Details: Protein: 10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 60 mM L-citrulline, 100 mM NaH2PO4, 500 mM NaCl and 5 mM b-mercaptoethanol. Crystallization condition: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 27% w/v PEG 3350, 0.2M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 21, 2012 / Details: BE-LENSES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGT / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.08→50 Å / Num. all: 69352 / Num. obs: 68312 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rsym value: 0.114 / Χ2: 2.238 / Net I/σ(I): 21.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4H31 Resolution: 2.082→36.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.1813 / WRfactor Rwork: 0.1538 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8859 / SU B: 7.371 / SU ML: 0.098 / SU R Cruickshank DPI: 0.1771 / SU Rfree: 0.1448 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.145 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 108.09 Å2 / Biso mean: 36.1376 Å2 / Biso min: 19.08 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.082→36.04 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.082→2.136 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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