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- PDB-6yvi: EED in complex with a cyano-benzofuran -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yvi
タイトルEED in complex with a cyano-benzofuran
要素Polycomb protein EED
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / Methyl transferase EED PRC2 epigenetic H3K27 WD40 inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


ESC/E(Z) complex / spinal cord development / histone methyltransferase activity / Transcriptional Regulation by E2F6 / nucleosome binding / enzyme activator activity / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis ...ESC/E(Z) complex / spinal cord development / histone methyltransferase activity / Transcriptional Regulation by E2F6 / nucleosome binding / enzyme activator activity / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / 染色体 / Oxidative Stress Induced Senescence / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L9W / Chem-PV5 / Polycomb protein EED
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Read, J.A.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Free energy perturbation in the design of EED ligands as inhibitors of polycomb repressive complex 2 (PRC2) methyltransferase.
著者: O' Donovan, D.H. / Gregson, C. / Packer, M.J. / Greenwood, R. / Pike, K.G. / Kawatkar, S. / Bloecher, A. / Robinson, J. / Read, J. / Code, E. / Hsu, J.H. / Shen, M. / Woods, H. / Barton, P. / ...著者: O' Donovan, D.H. / Gregson, C. / Packer, M.J. / Greenwood, R. / Pike, K.G. / Kawatkar, S. / Bloecher, A. / Robinson, J. / Read, J. / Code, E. / Hsu, J.H. / Shen, M. / Woods, H. / Barton, P. / Fillery, S. / Williamson, B. / Rawlins, P.B. / Bagal, S.K.
履歴
登録2020年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年7月14日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_refine_tls_group
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_refine_tls_group.selection_details
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb protein EED
B: Polycomb protein EED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4615
ポリマ－84,5982
非ポリマー8633
水5,242291
1
A: Polycomb protein EED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7613
ポリマ－42,2991
非ポリマー4622
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Polycomb protein EED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7012
ポリマ－42,2991
非ポリマー4011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.888, 86.528, 97.186
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Polycomb protein EED / / hEED / Embryonic ectoderm development protein / WD protein associating with integrin cytoplasmic ...hEED / Embryonic ectoderm development protein / WD protein associating with integrin cytoplasmic tails 1 / WAIT-1


分子量: 42299.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75530
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-L9W / N-(2,3-dihydro-1-benzofuran-4-ylmethyl)-8-(4-methylsulfonylphenyl)-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-5-amine


分子量: 421.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H19N5O3S
#4: 化合物 ChemComp-PV5 / 5-fluoranyl-4-[[[8-(2-methylpyridin-3-yl)-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-5-yl]amino]methyl]-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carbonitrile


分子量: 401.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H16FN7O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15M CaCl2, 18% PEG 3350, 0.1M PCPT pH 8.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→64.36 Å / Num. obs: 23221 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 30.65 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.26→2.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1161 / CC1/2: 0.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SFB

6sfb


解像度: 2.26→64.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.314
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1194 5.14 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.185 23221 67.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 132.87 Å2 / Biso mean: 35.62 Å2 / Biso min: 5.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5818 Å20 Å20 Å2
2--4.5356 Å20 Å2
3----1.9538 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.26→64.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5513 0 61 291 5865
Biso mean--32.87 34.66 -
残基数----694
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1933SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes135HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes831HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5719HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion737SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6584SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5719HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7771HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.45
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.92
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 4 4 %
Rwork0.232 96 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5738-0.1352-0.05481.1334-0.1781.1167-0.02870.0850.147-0.04940.02940.0730.0171-0.0545-0.0006-0.0919-0.0196-0.0263-0.0026-0.0024-0.110825.655233.64996.0252
22.86580.01210.08311.2201-0.49552.05340.0037-0.2323-0.10510.0602-0.1562-0.0518-0.08270.30890.1525-0.1308-0.05890.017-0.05780.0072-0.1012-23.627742.850316.7174
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|82 - A|439 }A82 - 439
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|81 - B|439 }B81 - 439

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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