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- PDB-6yug: Crystal structure of C. parvum GNA1 in complex with acetyl-CoA an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yug
タイトルCrystal structure of C. parvum GNA1 in complex with acetyl-CoA and glucose 6P.
要素Diamine acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Acyltransferase (アシルトランスフェラーゼ) / GNA1 / C. parvum
機能・相同性
機能・相同性情報


spermine acetylation / spermidine acetylation / putrescine catabolic process / diamine N-acetyltransferase / diamine N-acetyltransferase activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / Diamine acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Chi, J. / Cova, M. / de las Rivas, M. / Medina, A. / Borges, R. / Leivar, P. / Planas, A. / Uson, I. / Hurtado-Guerrero, R. / Izquierdo, L.
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Plasmodium falciparum Apicomplexan-Specific Glucosamine-6-Phosphate N -Acetyltransferase Is Key for Amino Sugar Metabolism and Asexual Blood Stage Development.
著者: Chi, J. / Cova, M. / de Las Rivas, M. / Medina, A. / Borges, R.J. / Leivar, P. / Planas, A. / Uson, I. / Hurtado-Guerrero, R. / Izquierdo, L.
履歴
登録2020年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diamine acetyltransferase
B: Diamine acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6105
ポリマ－35,7312
非ポリマー1,8793
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, It runs as a dimer under gel filtration.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9040 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area13790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.693, 70.089, 71.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Diamine acetyltransferase / Spermidine/spermine N(1)-acetyltransferase / CpSSAT


分子量: 17865.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)
遺伝子: SSAT, cgd4_4000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5CPU3, diamine N-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) / アセチルCoA


分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖 ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NH4Cl HEPES glycerolethoxilate

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→19.773 Å / Num. obs: 20192 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2638 / CC1/2: 0.852

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1-2155_743: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.95→19.773 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 44.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3134 573 2.86 %
Rwork0.272 --
obs0.2732 20035 95.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.773 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2342 0 118 23 2483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092506
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3533384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.781473
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007422
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9501-2.14620.421040.40444555X-RAY DIFFRACTION90
2.1462-2.45620.43331520.35044723X-RAY DIFFRACTION94
2.4562-3.09270.33821660.3085030X-RAY DIFFRACTION99
3.0927-19.7730.25581510.21325154X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.1305 Å / Origin y: -5.8962 Å / Origin z: 17.3111 Å
111213212223313233
T0.1899 Å20.0004 Å20.0151 Å2-0.5655 Å2-0.0125 Å2--0.2825 Å2
L2.2523 °20.1312 °2-0.6096 °2-0.6077 °2-0.459 °2--2.2901 °2
S-0.1184 Å °-0.0042 Å °-0.2407 Å °-0.0563 Å °-0.0808 Å °-0.0929 Å °0.1123 Å °0.3749 Å °0.1924 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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