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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yry | ||||||
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タイトル | tRNA-Guanine Transglycosylase (TGT) H333A mutant crystallised at pH 5.5 | ||||||
要素 | Queuine tRNA-ribosyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / TGT / TRNA-GUANINE TRANSGLYCOSYLASE / GUANINE INSERTION ENZYME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Zymomonas mobilis subsp. mobilis ZM4 = ATCC 31821 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å | ||||||
データ登録者 | Nguyen, A. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Mutation study on tRNA-guanine transglycosylase for catalysis testing 著者: Nguyen, A. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yry.cif.gz | 110.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yry.ent.gz | 66.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6yry.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yry ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yry | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43002.762 Da / 分子数: 1 / 変異: T312K, H333A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis ZM4 = ATCC 31821 (バクテリア) 遺伝子: tgt, ZMO0363 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM MES pH 5.5, 0.5 mM DTT, 10% (v/v) DMSO, 13% (m/v) PEG8000, streak seeding |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 詳細: Incoatec microfocus source / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年4月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→44.87 Å / Num. obs: 35506 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 23.46 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.43 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.93 Å / Num. unique obs: 5627 / CC1/2: 0.766 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1PUD 解像度: 1.82→44.87 Å / SU ML: 0.1839 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.6445 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→44.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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