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- PDB-6yq8: Crystal structure of native Phycocyanin from T. elongatus in spac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yq8
タイトルCrystal structure of native Phycocyanin from T. elongatus in spacegroup P63 at 1.8 Angstroms
要素(C-phycocyanin ...) x 2
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / Native C-Phycocyanin / antenna protein / heterodimer / ligand-bound / Phycobilisome (フィコビリソーム) / Chromophore (発色団) / ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系)
機能・相同性
機能・相同性情報


フィコビリソーム / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
フィコシアノビリン / TRIETHYLENE GLYCOL / C-phycocyanin alpha subunit / C-phycocyanin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Feiler, C.G. / Falke, S. / Sarrou, I.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: C-phycocyanin as a highly attractive model system in protein crystallography: unique crystallization properties and packing-diversity screening.
著者: Sarrou, I. / Feiler, C.G. / Falke, S. / Peard, N. / Yefanov, O. / Chapman, H.
履歴
登録2020年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,75119
ポリマ－35,6732
非ポリマー3,07817
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9660 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area14670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.514, 153.514, 39.358
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

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C-phycocyanin ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 C-phycocyanin alpha chain


分子量: 17456.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: cpcA, tlr1958
発現宿主: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: P50032
#2: タンパク質 C-phycocyanin beta chain


分子量: 18216.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Residue 72: N4-methylasparagine; parent Asn
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P50033

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非ポリマー , 5種, 237分子

#3: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN / フィコシアノビリン


分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1% Nucleosides Mix, 0.1M Buffer System3, 50% Precipitant Mix 3, Morpheus Screen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→44.32 Å / Num. obs: 48140 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 11.13 % / Biso Wilson estimate: 41.34 Å2 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 22.21
反射 シェル解像度: 1.82→1.94 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.82 / Num. unique obs: 4751 / Rrim(I) all: 0.267 / % possible all: 99.81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YPQ

6ypq


解像度: 1.82→44.32 Å / SU ML: 0.2443 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.7206
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 2100 4.36 %
Rwork0.1788 --
obs0.1798 48139 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 59.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→44.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2499 0 209 223 2931
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01322773
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31813748
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0627407
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069481
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9077450
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.82-1.860.39091370.36513003X-RAY DIFFRACTION97.91
1.86-1.910.36271370.33353010X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.960.29851400.28633066X-RAY DIFFRACTION99.97
1.96-2.020.29721380.25363021X-RAY DIFFRACTION99.97
2.02-2.080.24161400.23093083X-RAY DIFFRACTION99.97
2.08-2.160.22971380.21313027X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.240.20891390.18633038X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.350.19551390.17943043X-RAY DIFFRACTION99.97
2.35-2.470.19791410.1733100X-RAY DIFFRACTION99.97
2.47-2.620.22751400.17963077X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.830.21371400.18883057X-RAY DIFFRACTION100
2.83-3.110.20241400.18493068X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.560.18421410.1783104X-RAY DIFFRACTION100
3.56-4.480.17331420.15223116X-RAY DIFFRACTION100
4.48-44.320.18961480.16183226X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.33269345632-2.11292620050.5691790596964.82756292291-1.074256334541.285222365450.0580747439339-0.3123863883940.2462301396520.392308410162-0.1078862589770.24226059614-0.0522372213038-0.1660797788570.06090168083350.408486522034-0.1632622619640.01288792194150.585334620719-0.06614594037140.40150001391343.2642566175-50.153817879216.2263060956
22.16687641920.9749340017270.01814056437113.031212312910.1236294284822.293778041830.0760810017947-0.501795047761.005859320730.349831211953-0.1753920142071.02932708145-0.597280773883-0.4587651032050.05276291646520.5736609246880.05452312923680.0612293458840.600601746986-0.1705241220370.88524257671739.9305553883-24.317781876314.416731994
34.03406197286-0.4824539895820.01779696641792.15344183793-1.257894802242.345625312070.02812663628750.1296309107690.0289771870292-0.8092541894430.1538830335190.10388466339-0.00880541420427-0.1443699672250.06312018406670.536181670426-0.12949670104-0.035407679720.5169805672170.02331513231170.47647289525843.2956913407-40.54460727863.83894581706
42.03166238164-0.07740629018060.5743467466982.49268780138-3.272077612624.43022297229-0.177055984010.09766736069330.160208040261-0.9455646937080.3133522935361.20331248150.130917652656-0.633531372741-0.2416840725430.471332897219-0.0983654607171-0.112699907270.684204950248-0.01348703774710.56392578762733.904726435-49.13401420945.29888978278
54.42574099936-0.6154395495190.1567727825860.9226046969110.171771582410.4253997231410.007640572626860.2930406513270.0374032892013-0.105071566915-0.0342919226841-0.2293201228450.02948282387570.08229098892480.02944974866250.367595181615-0.132858171620.004193353134310.5741200692480.02994109569350.3628239637856.8058876719-65.64783300524.3474919292
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 46 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 162 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 20 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 21 through 33 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 34 through 172 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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