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Yorodumi- PDB-6yn1: Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound t... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6yn1 | ||||||
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Title | Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer | ||||||
Components |
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Keywords | CHAPERONE / Octamer / aplf / histone | ||||||
Function / homology | Function and homology information ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of isotype switching / histone chaperone activity / poly-ADP-D-ribose binding / positive regulation of DNA ligation / regulation of epithelial to mesenchymal transition / single strand break repair / DNA repair-dependent chromatin remodeling / site of DNA damage / protein folding chaperone ...ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of isotype switching / histone chaperone activity / poly-ADP-D-ribose binding / positive regulation of DNA ligation / regulation of epithelial to mesenchymal transition / single strand break repair / DNA repair-dependent chromatin remodeling / site of DNA damage / protein folding chaperone / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / protein localization to chromatin / 3'-5' exonuclease activity / embryo implantation / DNA endonuclease activity / double-strand break repair via nonhomologous end joining / structural constituent of chromatin / double-strand break repair / nucleosome / nucleosome assembly / site of double-strand break / histone binding / Hydrolases; Acting on ester bonds / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / DNA repair / DNA damage response / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Xenopus laevis (African clawed frog) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Corbeski, I. / Guo, X. / Van Ingen, H. / Sixma, T.K. | ||||||
Citation | Journal: Sci Adv / Year: 2022 Title: Chaperoning of the histone octamer by the acidic domain of DNA repair factor APLF. Authors: Corbeski, I. / Guo, X. / Eckhardt, B.V. / Fasci, D. / Wiegant, W. / Graewert, M.A. / Vreeken, K. / Wienk, H. / Svergun, D.I. / Heck, A.J.R. / van Attikum, H. / Boelens, R. / Sixma, T.K. / ...Authors: Corbeski, I. / Guo, X. / Eckhardt, B.V. / Fasci, D. / Wiegant, W. / Graewert, M.A. / Vreeken, K. / Wienk, H. / Svergun, D.I. / Heck, A.J.R. / van Attikum, H. / Boelens, R. / Sixma, T.K. / Mattiroli, F. / van Ingen, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6yn1.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6yn1.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6yn1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/6yn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/6yn1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2hioS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 4 types, 32 molecules AFKPUZejBGLQVafkCHMRWbglDINSXchm
#1: Protein | Mass: 11754.768 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xenopus laevis (African clawed frog) / Gene: hist1h2aj, h2ac14, LOC494591, XELAEV_18003602mg / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q6AZJ8 #2: Protein | Mass: 11311.154 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xenopus laevis (African clawed frog) / Gene: XELAEV_18032685mg / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A1L8FQA5 #3: Protein | Mass: 11633.632 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xenopus laevis (African clawed frog) / Gene: XELAEV_18002543mg / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A310TTQ1 #4: Protein | Mass: 9540.251 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xenopus laevis (African clawed frog) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P62799 |
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-Protein/peptide , 1 types, 8 molecules EJOTYdin
#5: Protein/peptide | Mass: 4995.819 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: APLF, C2orf13, PALF, XIP1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q8IW19, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase |
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-Non-polymers , 3 types, 430 molecules
#6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | ChemComp-CL / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.41 % / Description: 150um x 150um x 150um |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X6A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Mar 16, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→20 Å / Num. obs: 206799 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 49 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.33 Å / Rmerge(I) obs: 3.2 / Mean I/σ(I) obs: 0.54 / Num. unique obs: 23719 / CC1/2: 0.17 / Rrim(I) all: 3.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2HIO Resolution: 2.35→19.99 Å / SU ML: 0.3289 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.6704 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 62.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→19.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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