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- PDB-6yjo: Structure of FgChi7B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yjo
タイトルStructure of FgChi7B
要素FAD-binding PCMH-type domain-containing protein
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FAD / linking
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / FAD-binding PCMH-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Gibberella zeae (ムギノアカカビ病菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Haddad Momeni, M. / Fredslund, F. / Berrin, J.G. / Abou Hachem, M. / Welner, D.H.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0025642 デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Discovery of fungal oligosaccharide-oxidising flavo-enzymes with previously unknown substrates, redox-activity profiles and interplay with LPMOs.
著者: Haddad Momeni, M. / Fredslund, F. / Bissaro, B. / Raji, O. / Vuong, T.V. / Meier, S. / Nielsen, T.S. / Lombard, V. / Guigliarelli, B. / Biaso, F. / Haon, M. / Grisel, S. / Henrissat, B. / ...著者: Haddad Momeni, M. / Fredslund, F. / Bissaro, B. / Raji, O. / Vuong, T.V. / Meier, S. / Nielsen, T.S. / Lombard, V. / Guigliarelli, B. / Biaso, F. / Haon, M. / Grisel, S. / Henrissat, B. / Welner, D.H. / Master, E.R. / Berrin, J.G. / Abou Hachem, M.
履歴
登録2020年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年3月31日Group: Atomic model / Database references / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / audit_author / citation / citation_author
Item: _atom_site_anisotrop.id / _audit_author.name ..._atom_site_anisotrop.id / _audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.title / _citation.year
改定 2.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.22021年4月28日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 2.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAD-binding PCMH-type domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6583
ポリマ－56,2861
非ポリマー1,3722
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area18310 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)111.600, 67.455, 85.082
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.310, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 FAD-binding PCMH-type domain-containing protein


分子量: 56285.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gibberella zeae (strain PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084) (ムギノアカカビ病菌)
株: PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084 / 遺伝子: FGRAMPH1_01T15319 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A098DND1
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.77 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 3350, 22% (w/v) Sodium potassium phosphate, 200 mM
Temp details: Room temp

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月2日 / 詳細: CRL
放射モノクロメーター: C(110) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→38.13 Å / Num. obs: 22534 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 46.96 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1385 / Rpim(I) all: 0.05467 / Net I/σ(I): 10.79
反射 シェル解像度: 2.38→2.465 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.573 / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / Num. unique obs: 2206 / CC1/2: 0.454 / CC star: 0.79 / Rpim(I) all: 0.6205 / % possible all: 97.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDS20180106データ削減
XSCALE20180106データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5K8E

5k8e


解像度: 2.38→38.13 Å / SU ML: 0.3688 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.5617
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 1116 4.96 %
Rwork0.2123 --
obs0.2137 22501 98.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 58.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→38.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3668 0 92 110 3870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00323862
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66475266
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0448579
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041666
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.82351363
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.38-2.490.36031270.34722651X-RAY DIFFRACTION97.85
2.49-2.620.34751330.30862690X-RAY DIFFRACTION98.95
2.62-2.780.3331190.28722660X-RAY DIFFRACTION98.48
2.78-30.32351430.27542651X-RAY DIFFRACTION98.55
3-3.30.27921280.25462659X-RAY DIFFRACTION96.97
3.3-3.780.23871730.20262572X-RAY DIFFRACTION96.21
3.78-4.760.16841420.15892733X-RAY DIFFRACTION100
4.76-38.130.20371510.17082769X-RAY DIFFRACTION99.73
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.70335220411.729566432470.1673303373213.140697104970.2308284871741.04147651475-0.3768909828480.577134329725-0.082819348592-0.383920643860.516929632555-0.369761196471-0.06475129940410.17109307778-0.1343999261620.410011789519-0.1034136400660.06492299255910.537454581474-0.06685291845430.36322757654913.955523653136.792894117713.4120272328
21.706072790210.822770540047-0.162805712574.31176324496-0.3944677850051.8977502903-0.379168006240.384024019375-0.0267273196867-0.946630721070.4484154514710.4206704356570.2277572421710.0294254071111-0.1170942930560.613737286253-0.220317099617-0.07541880155510.6377671265480.05307908303410.40853280738-4.2766554988722.05103953379.16149651014
31.080763738450.670276643473-1.375964888932.45765749697-1.735745046633.01169097142-0.2793481217560.4940702144930.5528303346680.4739426234290.3266984492920.874453515512-0.318811725224-0.7282294215440.09277146771210.4710065051580.0397920251312-0.08088625787820.5760117257620.2246937523231.52432330737-23.110401078138.476259043720.4467409258
41.829742477731.903445437810.1949066889234.01242501305-0.02248335371511.32739793868-0.05801196591080.1832182714840.2941382405640.4735805627520.2323983043580.3987440848340.0264176840534-0.0793630304599-0.1794900450910.4115804315970.03263850191120.06622066124930.3452793729520.04512913981190.31544640022-4.3840538957928.730085778826.0997300637
51.64086723531.84295335522-0.3310247724833.420360217570.2692419092231.521604949040.00627620080751-0.0523318383126-0.2396461933480.6735927352210.183821449472-0.705249887965-0.06292348600320.232834427968-0.1876562953440.5011019692260.0359107062716-0.1295851745710.33260567535-0.04542470916850.38030504315418.757225926340.786281839328.2828940333
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 357 through 475 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 476 through 505 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 31 through 58 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 59 through 240 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 241 through 356 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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