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Yorodumi- PDB-6yi1: Crystal structure of human glutaminyl cyclase in complex with Glu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6yi1 | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of human glutaminyl cyclase in complex with Glu(gamma-hydrazide)-Phe-Ala | ||||||||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / Alpha-Beta Protein / Metalloprotein / Intermediate | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information peptidyl-pyroglutamic acid biosynthetic process, using glutaminyl-peptide cyclotransferase / glutaminyl-peptide cyclotransferase / glutaminyl-peptide cyclotransferase activity / protein modification process / specific granule lumen / tertiary granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Synthetic construct (others) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.92 Å | ||||||||||||
Authors | Kupski, O. / Sautner, V. / Tittmann, K. | ||||||||||||
Funding support | Germany, 3items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2020 Title: Hydrazides Are Potent Transition-State Analogues for Glutaminyl Cyclase Implicated in the Pathogenesis of Alzheimer's Disease. Authors: Kupski, O. / Funk, L.M. / Sautner, V. / Seifert, F. / Worbs, B. / Ramsbeck, D. / Meyer, F. / Diederichsen, U. / Buchholz, M. / Schilling, S. / Demuth, H.U. / Tittmann, K. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6yi1.cif.gz | 309 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6yi1.ent.gz | 246.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6yi1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/6yi1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/6yi1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6yjyC 2afmS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein / Protein/peptide , 2 types, 5 molecules ABCDE
#1: Protein | Mass: 37553.410 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: QPCT / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q16769, glutaminyl-peptide cyclotransferase #2: Protein/peptide | Mass: 361.419 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 9 types, 462 molecules
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-DIO / | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-PEG / #9: Chemical | #10: Chemical | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.08 Å3/Da / Density % sol: 60.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 4% (v/v) 1,4-Dioxane |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 8, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.85 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.92→88.279 Å / Num. obs: 70565 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 5.933 % / Biso Wilson estimate: 26.39 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 0.957 / Net I/σ(I): 9.89 / Num. measured all: 418679 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2AFM Resolution: 1.92→88.279 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.73
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.1 Å / VDW probe radii: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 121.67 Å2 / Biso mean: 30.3477 Å2 / Biso min: 5.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.92→88.279 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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