PDB-6yec: E.coli's Putrescine receptor PotF complexed with Spermine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yec

タイトル

E.coli's Putrescine receptor PotF complexed with Spermine

要素

Putrescine-binding periplasmic protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Periplasmic binding protein /

E.coli (大腸菌) /

Spermine (スペルミン)

機能・相同性

機能・相同性情報

putrescine transport /

putrescine binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space /

生体膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Shanmugaratnam, S. / Kroeger, P. / Hocker, B.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: A comprehensive binding study illustrates ligand recognition in the periplasmic binding protein PotF.
著者: Kroger, P. / Shanmugaratnam, S. / Ferruz, N. / Schweimer, K. / Hocker, B.

履歴

登録	2020年3月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yec.cif.gz	347.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yec.ent.gz	236.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yec.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/6yec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/6yec	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ye0C 6ye6C 6ye7C 6ye8C 6yebC 6yedC 1a99S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4jdf-d 1a99-4 3ttl-2 5qdc-3 5tol-d 1nl5-d 3bug-d 4dce-2 3kyr-2 4k9h-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#23 - 2001年11月
DNA (DNA)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Putrescine-binding periplasmic protein

A: Putrescine-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

81.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Putrescine-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
40.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Putrescine-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.401, 70.401, 273.497
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-665- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain 'A' and (resid 30 through 369 or resid 401 or resid 701 through 801 or resid 1301))	A	30 - 368
1	2	1	(chain 'A' and (resid 30 through 369 or resid 401 or resid 701 through 801 or resid 1301))	A	401
1	3	1	(chain 'A' and (resid 30 through 369 or resid 401 or resid 701 through 801 or resid 1301))	A	701
1	4	1	(chain 'A' and (resid 30 through 369 or resid 401 or resid 701 through 801 or resid 1301))	A	801
1	5	1	(chain 'A' and (resid 30 through 369 or resid 401 or resid 701 through 801 or resid 1301))	A	1301
2	6	1	(chain 'B' and (resid 30 through 369 or resid 501 or resid 801 through 901 or resid 1301))	B	30 - 368
2	7	1	(chain 'B' and (resid 30 through 369 or resid 501 or resid 801 through 901 or resid 1301))	B	501
2	8	1	(chain 'B' and (resid 30 through 369 or resid 501 or resid 801 through 901 or resid 1301))	B	801
2	9	1	(chain 'B' and (resid 30 through 369 or resid 501 or resid 801 through 901 or resid 1301))	B	901
2	10	1	(chain 'B' and (resid 30 through 369 or resid 501 or resid 801 through 901 or resid 1301))	B	1301

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質	Putrescine-binding periplasmic protein 分子量: 39370.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 遺伝子: potF, b0854, JW0838 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31133

-
非ポリマー , 9種, 177分子

#2: 化合物	ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン / スペルミン分子量: 202.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₆N₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 2.4 M Ammoniumsulfate, 0.1 M Bicine pH 8.8, 5% PEG 3550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月17日
放射	モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→45.58 Å / Num. obs: 47981 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 11 % / B_iso Wilson estimate: 52.43 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.1083 / R_pim(I) all: 0.03414 / R_rim(I) all: 0.1137 / Net I/σ(I): 14.62
反射シェル	解像度: 2.09→2.165 Å / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 3.334 / Mean I/σ(I) obs: 0.65 / Num. unique obs: 4689 / CC_1/2: 0.229 / CC star: 0.61 / R_pim(I) all: 1.024 / R_rim(I) all: 3.49 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS	20180126	データ削減
XDS	20180126	データスケーリング
Coot	0.8.9.2	モデル構築
PHASER	2.8.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1A99

1a99

解像度: 2.09→45.58 Å / SU ML: 0.3044 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.8583
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2402	2075	4.32 %	Random selection
R_work	0.2154	45906	-	-
obs	0.2165	47981	99.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→45.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5351	0	173	142	5666

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0014	5625
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4462	7594
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0406	823
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0032	968
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.0175	2062

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.09-2.14	0.378	137	0.3507	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.19	0.3102	137	0.3301	3017	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.19-2.25	0.3757	133	0.3186	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.32	0.3086	136	0.2933	2993	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.32-2.39	0.3458	137	0.2941	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.48	0.3005	136	0.279	3004	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.48-2.57	0.3211	136	0.2655	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.69	0.2807	138	0.2483	3062	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.83	0.2851	137	0.2382	3040	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-3.01	0.2518	137	0.2294	3027	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.01-3.24	0.2495	139	0.216	3063	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.57	0.2154	139	0.2032	3090	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-4.09	0.22	140	0.1826	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-5.15	0.1847	142	0.1716	3135	X-RAY DIFFRACTION	99.85
5.15-45.58	0.2377	151	0.2165	3327	X-RAY DIFFRACTION	99.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.89175769837	-0.34778421023	-1.6931637131	1.65723968089	0.155046010816	2.9776959135	0.0279016859624	0.0390188005006	0.260695306556	0.128980369157	-0.0174222742405	-0.181232837613	0.378096095597	-0.179603996782	-0.00011998313175	0.658773907498	0.0546147973966	-0.0521771739053	0.362191979138	-0.0270318833262	0.526350690584	-13.9562775014	-9.57698451286	-65.8602900941
2	3.78705196094	-0.206686849427	0.832656489347	1.7026713367	0.0192067547795	1.36709484064	-0.0537181316428	0.00971640099893	-0.072560619921	0.11298080116	-0.00517297404044	0.207307907654	-0.280851086909	-0.0862377446549	-1.04761301679E-5	0.649930179187	0.123858441765	-0.0245033827277	0.388926553679	0.0178606249083	0.430624377529	-6.27553948094	21.1571361321	-71.7909397532

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'B' and resid 29 through 369)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'A' and resid 30 through 369)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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