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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yeb | ||||||
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タイトル | E.coli's Putrescine receptor PotF in its closed apo state | ||||||
要素 | Putrescine-binding periplasmic protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Periplasmic binding protein / E.coli (大腸菌) / closed apo | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 putrescine transport / putrescine binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å | ||||||
データ登録者 | Shanmugaratnam, S. / Kroeger, P. / Hocker, B. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: A comprehensive binding study illustrates ligand recognition in the periplasmic binding protein PotF. 著者: Kroger, P. / Shanmugaratnam, S. / Ferruz, N. / Schweimer, K. / Hocker, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yeb.cif.gz | 336.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yeb.ent.gz | 237.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6yeb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/6yeb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/6yeb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 39370.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: potF, b0854, JW0838 / プラスミド: pET21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31133 |
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-非ポリマー , 7種, 290分子
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-PGE / | ||||||||
#4: 化合物 | ChemComp-PEG / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 2.4 M Ammoniumsulfate, 0.1 M Bicine pH 8.8, 5% PEG 3550 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月17日 |
放射 | モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→45.68 Å / Num. obs: 58117 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 44.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1242 / Rpim(I) all: 0.0393 / Rrim(I) all: 0.1304 / Net I/σ(I): 12.16 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 3.324 / Mean I/σ(I) obs: 0.68 / Num. unique obs: 5691 / CC1/2: 0.23 / CC star: 0.611 / Rpim(I) all: 1.021 / Rrim(I) all: 3.48 / % possible all: 99.93 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1A99 解像度: 1.97→45.68 Å / SU ML: 0.2248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.6066
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.64 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→45.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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