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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ycy | ||||||
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タイトル | Plasmodium falciparum Myosin A full-length, post-rigor state | ||||||
要素 |
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キーワード | MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / Myosin A / Myosin (ミオシン) / Plasmodium (マラリア原虫) / Myosin XIV / Myosin 14 (ミオシン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pellicle / glideosome / inner membrane pellicle complex / vesicle transport along actin filament / myosin II complex / myosin complex / microfilament motor activity / cytoskeletal motor activity / actin filament organization / actin filament binding ...pellicle / glideosome / inner membrane pellicle complex / vesicle transport along actin filament / myosin II complex / myosin complex / microfilament motor activity / cytoskeletal motor activity / actin filament organization / actin filament binding / マイクロフィラメント / actin binding / vesicle / calcium ion binding / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Moussaoui, D. / Robblee, J.P. / Auguin, D. / Krementsova, E.B. / Robert-Paganin, J. / Trybus, K.M. / Houdusse, A. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Full-length Plasmodium falciparum myosin A and essential light chain PfELC structures provide new anti-malarial targets. 著者: Moussaoui, D. / Robblee, J.P. / Auguin, D. / Krementsova, E.B. / Haase, S. / Blake, T.C.A. / Baum, J. / Robert-Paganin, J. / Trybus, K.M. / Houdusse, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ycy.cif.gz | 443.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ycy.ent.gz | 372.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ycy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/6ycy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/6ycy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABE
#1: タンパク質 | 分子量: 92474.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 遺伝子: PF13_0233 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8IDR3 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 23510.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_1246400 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8I4W8 |
#3: タンパク質 | 分子量: 15692.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_1017500 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8IJM4 |
-非ポリマー , 5種, 296分子
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||||||
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#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / | #7: 化合物 | ChemComp-ADP / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.83 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.9M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium HEPES pH 6.8, 2% PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77.36 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.906019 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.906019 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→25.7 Å / Num. obs: 57507 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 11.2 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.57 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.641 Å / Num. unique obs: 5563 / CC1/2: 0.505 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6I7D 解像度: 2.55→25.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.316 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.319 / SU Rfree Blow DPI: 0.241 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.243
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原子変位パラメータ | Biso max: 188.77 Å2 / Biso mean: 79.51 Å2 / Biso min: 32.63 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.55→25.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.62 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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