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- PDB-6ybb: Crystal structure of a native BcsE (217-523) - BcsR-BcsQ (R156E m... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ybb | ||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of a native BcsE (217-523) - BcsR-BcsQ (R156E mutant) complex with c-di-GMP and ATP bound | ||||||||||||||||||
![]() | (Bacterial cellulose secretion regulator ...) x 3 | ||||||||||||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() bacterial cellulose biosynthetic process / cellulose biosynthetic process / negative regulation of cell division / cyclic-di-GMP binding / cytoplasmic side of plasma membrane / ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Abidi, W. / Zouhir, S. / Roche, S. / Krasteva, P.V. | ||||||||||||||||||
Funding support | 5items
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![]() | ![]() Title: Architecture and regulation of an enterobacterial cellulose secretion system. Authors: Wiem Abidi / Samira Zouhir / Meryem Caleechurn / Stéphane Roche / Petya Violinova Krasteva / ![]() Abstract: Many free-living and pathogenic enterobacteria secrete biofilm-promoting cellulose using a multicomponent, envelope-embedded Bcs secretion system under the control of intracellular second messenger c- ...Many free-living and pathogenic enterobacteria secrete biofilm-promoting cellulose using a multicomponent, envelope-embedded Bcs secretion system under the control of intracellular second messenger c-di-GMP. The molecular understanding of system assembly and cellulose secretion has been largely limited to the crystallographic studies of a distantly homologous BcsAB synthase tandem and a low-resolution reconstruction of an assembled macrocomplex that encompasses most of the inner membrane and cytosolic subunits and features an atypical layered architecture. Here, we present cryo-EM structures of the assembled Bcs macrocomplex, as well as multiple crystallographic snapshots of regulatory Bcs subcomplexes. The structural and functional data uncover the mechanism of asymmetric secretion system assembly and periplasmic crown polymerization and reveal unexpected subunit stoichiometry, multisite c-di-GMP recognition, and ATP-dependent regulation. | ||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6yarSC ![]() 6yayC ![]() 6yb3C ![]() 6yb5C ![]() 6ybuC ![]() 6yg8C ![]() 6tj0S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Bacterial cellulose secretion regulator ... , 3 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 27932.752 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Gene: bcsQ, yhjQ, A8C65_00290, ACU57_05335, BMT91_17060, BON75_10030, BvCmsHHP019_01723, BvCmsSINP011_05061, C2U48_15650, D3O91_11725, D9H68_14440, D9I18_15755, D9I97_13990, DAH34_22885, DAH37_19450, ...Gene: bcsQ, yhjQ, A8C65_00290, ACU57_05335, BMT91_17060, BON75_10030, BvCmsHHP019_01723, BvCmsSINP011_05061, C2U48_15650, D3O91_11725, D9H68_14440, D9I18_15755, D9I97_13990, DAH34_22885, DAH37_19450, E2127_16420, E2128_18010, E2129_18145, E2134_17810, EAI42_04085, EC1094V2_71, NCTC10429_00778, NCTC11022_03734, NCTC9058_01652 Production host: ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 7452.367 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: THE CODING REGION CORRESPONDING TO THE BCSRQ TANDEM WAS CLONED INTO THE PPROEX-HTB WITH A CLEAVABLE N-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG TO BCSR. THE SAMPLE WERE PURIFIED AND CRYSTALLISED WITHOUT ...Details: THE CODING REGION CORRESPONDING TO THE BCSRQ TANDEM WAS CLONED INTO THE PPROEX-HTB WITH A CLEAVABLE N-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG TO BCSR. THE SAMPLE WERE PURIFIED AND CRYSTALLISED WITHOUT THE HIS-TAG. THE GPMGS CORRESPOND TO THE NTER ADDITIONAL RESIDUES REMAINING AFTER CLEAVAGE. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Gene: yhjR, A6V01_14365, A8C65_00295, A9R57_18690, AC789_1c39040, ACN002_3620, ACN68_06780, ACN81_08775, ACU57_05330, ACU90_15155, AM270_16530, AM464_10395, AMK83_17075, AML07_15400, APZ14_14840, ...Gene: yhjR, A6V01_14365, A8C65_00295, A9R57_18690, AC789_1c39040, ACN002_3620, ACN68_06780, ACN81_08775, ACU57_05330, ACU90_15155, AM270_16530, AM464_10395, AMK83_17075, AML07_15400, APZ14_14840, AUQ13_21010, AUS26_05355, AW106_19925, BANRA_02188, BANRA_03431, BANRA_04333, BANRA_04566, BB545_03705, BHS81_21135, BHS87_19835, BJJ90_00965, BK292_24575, BMT91_17065, BN17_34711, BOH76_20305, BON63_23095, BON69_12460, BON71_17720, BON72_13310, BON76_21180, BON94_21140, BON95_21275, BTQ06_14355, BUE81_10045, BvCms12BK_03867, BvCms2454_00062, BvCms28BK_00015, BvCmsHHP001_04915, BvCmsHHP019_01722, BvCmsHHP056_04702, BvCmsKKP036_02918, BvCmsKKP061_02263, BvCmsKSNP073_03410, BvCmsKSNP081_04400, BvCmsKSP011_02716, BvCmsKSP024_02867, BvCmsKSP026_02341, BvCmsKSP045_00352, BvCmsKSP067_01939, BvCmsNSNP036_04602, BvCmsNSP006_05307, BvCmsNSP047_03956, BvCmsNSP072_04054, BvCmsOUP014_03413, BvCmsSINP011_05062, BvCmsSIP019_02407, BvCmsSIP044_03516, BVL39_08345, BW690_01625, BZL31_14290, C2U48_15645, C5N07_21610, C5P01_24180, C6669_10230, C7235_01450, C7B02_19840, C9098_17010, C9114_22000, C9141_22075, C9160_22970, C9162_26275, C9182_22470, C9201_19395, C9306_17625, C9E25_16190, C9Z03_00095, C9Z28_19620, C9Z37_15395, C9Z39_13945, C9Z69_16745, C9Z89_13935, CA593_08480, CI641_010930, COD30_23820, COD46_13475, CR538_01230, CRD98_22705, CRM83_21580, CWS33_18425, D0X26_22825, D2184_20785, D2185_17650, D3821_09240, D3Y67_04435, D6T60_22230, D9D20_19605, D9E35_13135, D9H68_14435, D9I18_15750, D9I97_13985, D9J11_18915, D9J44_18935, D9K48_10615, D9K54_10550, DAH18_11545, DAH30_06135, DAH32_17855, DAH34_22880, DAH37_19445, DBQ99_02170, DEN89_25155, DEN97_17470, DEO04_20390, DEO19_17140, DIV22_07035, DJ503_16110, DL545_01700, DL800_25095, DP277_20930, DQF57_09495, DQO13_19235, DS732_25515, DTL43_22125, DXT69_13975, DXT71_18500, DXT73_16115, E0I42_16815, E0J34_09730, E0K84_22700, E2119_10885, E2127_16425, E2128_18015, E2129_18150, E2134_17815, E2135_13675, E2855_04489, E2863_04566, E3B71_14240, E5P22_13630, E5P28_15170, E5P37_17785, E5S35_16770, E5S47_16125, EAI42_04080, EC1094V2_70, EC3234A_62c00180, EC3426_04694, EC95NR1_02922, ED600_16775, EEP23_03690, EHH55_25990, EJC75_16880, EKI52_16535, EL75_0168, EL79_0179, EL80_0171, ELT20_13340, ELV08_08625, EPT01_13645, EQ825_24275, ERS085365_03384, ERS085374_03939, ERS085379_03461, ERS085416_01810, ERS139211_03246, EXX13_15900, EXX71_20125, EXX78_22145, EYD11_00910, EYY78_10840, F0312_08835, F1E03_18480, F1E19_10145, F7F23_20655, F7F29_18335, FORC82_0211, FQ915_11140, FQR64_01380, FRV13_18835, FTV90_03830, FTV92_19380, FV293_20875, FWK02_16270, FY127_16255, HW43_22525, NCTC10090_03288, NCTC10418_00365, NCTC10429_00777, NCTC10865_00350, NCTC11022_03735, NCTC11126_00353, NCTC11181_02507, NCTC11341_02195, NCTC13148_03788, NCTC8009_01140, NCTC8179_05669, NCTC8500_00017, NCTC8960_02842, NCTC8985_04684, NCTC9045_00297, NCTC9055_02150, NCTC9058_01653, NCTC9062_02927, NCTC9111_00632, NCTC9703_04725, NCTC9706_02488, PGD_04560, PU06_03455, RG28_22775, RK56_020175, RX35_03299, SAMEA3472043_03895, SAMEA3472055_04880, SAMEA3472070_03765, SAMEA3472114_02155, SAMEA3484427_00198, SAMEA3484429_02974, SAMEA3752553_00829, SAMEA3752557_03916, SAMEA3752559_00583, SAMEA3753064_01978, SAMEA3753290_02280, SAMEA3753300_03978, SK85_03853, UN86_19365, WQ89_12680, WR15_14750 Production host: ![]() ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 34958.316 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: THE CODING REGION OF BCSE CORRESPONDING TO RESIDUE 217 TO 523 WAS CLONED INTO A MODIFIED PRSF-DUET TO EXPRESS THE TRUNCATED PROTEIN WITHOUT A TAG. THE FIRST ADDITIONAL MGS RESIDUES COME FROM THE CLONING. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Strain: K12 / Gene: bcsE, yhjS, b3536, JW3504 / Production host: ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 32 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/C2E.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/C2E.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | #5: Chemical | ![]() #6: Chemical | ChemComp-C2E / ![]() #7: Chemical | ![]() #8: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.32 Å3/Da / Density % sol: 62.96 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 277.4 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 100 mM MES pH 6.0 and 11% PEG 20 000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 9M / Detector: PIXEL / Date: Nov 15, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.89→50 Å / Num. obs: 42251 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 88.34 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.86 |
Reflection shell | Resolution: 2.89→3.07 Å / Redundancy: 13.31 % / Mean I/σ(I) obs: 0.83 / Num. unique obs: 6581 / CC1/2: 0.52 / % possible all: 97.5 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 6TJ0; 6YAR Resolution: 2.9→48.54 Å / SU ML: 0.5101 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.8566
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 104.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→48.54 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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