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- PDB-6y8d: 14-3-3 Sigma in complex with phosphorylated caspase{pS164} peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y8d
タイトル14-3-3 Sigma in complex with phosphorylated caspase{pS164} peptide
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • VAL-GLU-HIS-SEP-LEU-ASP-ASN-LYS
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / 14-3-3 (14-3-3タンパク質) / caspase{pS164} / complex / protein (タンパク質) / protein-protein interactions (タンパク質間相互作用)
機能・相同性
機能・相同性情報


カスパーゼ-2 / endopeptidase complex / neural retina development / NADE modulates death signalling / luteolysis / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / execution phase of apoptosis / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity ...カスパーゼ-2 / endopeptidase complex / neural retina development / NADE modulates death signalling / luteolysis / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / execution phase of apoptosis / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / ectopic germ cell programmed cell death / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / protein kinase A signaling / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / protein export from nucleus / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / positive regulation of apoptotic signaling pathway / TP53 Regulates Metabolic Genes / apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / NOD1/2 Signaling Pathway / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / protein processing / cellular response to mechanical stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / DNA damage response / 核小体 / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
カスパーゼ-2 / Caspase recruitment domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. ...カスパーゼ-2 / Caspase recruitment domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3タンパク質 / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3タンパク質 / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein sigma / カスパーゼ-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Ballone, A. / Lau, R.A. / Zweipfenning, F.P.A. / Ottmann, C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITN675179 オランダ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: A new soaking procedure for X-ray crystallographic structural determination of protein-peptide complexes.
著者: Ballone, A. / Lau, R.A. / Zweipfenning, F.P.A. / Ottmann, C.
履歴
登録2020年3月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: VAL-GLU-HIS-SEP-LEU-ASP-ASN-LYS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3827
ポリマ－29,2502
非ポリマー1335
水6,323351
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: VAL-GLU-HIS-SEP-LEU-ASP-ASN-LYS
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
B: VAL-GLU-HIS-SEP-LEU-ASP-ASN-LYS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,76414
ポリマ－58,4994
非ポリマー26510
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area22680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.575, 112.713, 62.661
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-304-

MG

21A-740-

HOH

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 28226.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド VAL-GLU-HIS-SEP-LEU-ASP-ASN-LYS


分子量: 1022.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42575*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 28% PEG400, 5% glycerol, 0.2M CaCl, 0.1M HEPES pH 7.5, 2mM BME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.973 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.973 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→29.41 Å / Num. obs: 45100 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 15.38 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 64.3
反射 シェル解像度: 1.51→1.54 Å / Num. unique obs: 1757 / CC1/2: 0.986

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACv5.5精密化
PHENIX1.16_3549精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3lw1

3lw1


解像度: 1.51→29.41 Å / SU ML: 0.1182 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.1446
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1972 2224 4.93 %
Rwork0.1746 --
obs0.1757 45077 97.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→29.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1798 0 42 351 2191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00561982
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79772711
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0413308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.11351637
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.51-1.540.20651100.17612154X-RAY DIFFRACTION79.05
1.54-1.580.17661240.17612400X-RAY DIFFRACTION88.59
1.58-1.620.19881480.17042565X-RAY DIFFRACTION94.86
1.62-1.660.22341600.17692638X-RAY DIFFRACTION98.31
1.66-1.710.23141360.17392714X-RAY DIFFRACTION99.93
1.71-1.770.19091360.18782724X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.830.24151290.17752733X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.90.21631180.18582750X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.990.20051380.18612734X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.090.21841370.18072738X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.220.18731490.17092733X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.40.17541520.16982734X-RAY DIFFRACTION99.97
2.4-2.640.20821480.17722754X-RAY DIFFRACTION100
2.64-3.020.20821480.17982768X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.80.17661310.16482808X-RAY DIFFRACTION100
3.8-29.410.1931600.17222906X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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