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- PDB-6y6l: Structure the ananain protease from Ananas comosus with a thiomet... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6y6l | ||||||
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Title | Structure the ananain protease from Ananas comosus with a thiomethylated catalytic cysteine | ||||||
![]() | Ananain![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Azarkan, M. / Charlier, P. / Herman, R. / Delbrassine, F. / Sauvage, E. / M Rabet, N. / Calvo Esposito, R. / Kerff, F. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structures of the free and inhibitors-bound forms of bromelain and ananain from Ananas comosus stem and in vitro study of their cytotoxicity. Authors: Azarkan, M. / Maquoi, E. / Delbrassine, F. / Herman, R. / M'Rabet, N. / Calvo Esposito, R. / Charlier, P. / Kerff, F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 274.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 227.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6ycbC ![]() 6yccC ![]() 6ycdC ![]() 6yceSC ![]() 6ycfC ![]() 6ycgC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 23498.664 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() #3: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.61 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 / Details: NaK tartrate 1 M, MES 0.1M at pH6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 23, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.3→119.749 Å / Num. all: 112222 / Num. obs: 112222 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 6.8 % / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.087 / Rsym value: 0.08 / Net I/av σ(I): 4.6 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 768537 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 6YCE Resolution: 1.3→39.916 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.05 / Phase error: 12.47 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 192.85 Å2 / Biso mean: 20.7422 Å2 / Biso min: 9.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.3→39.916 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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