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- PDB-6y3d: X-ray structure of thermophilic C-phycocyanin from Galdiera phlegrea -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y3d
タイトルX-ray structure of thermophilic C-phycocyanin from Galdiera phlegrea
要素(C-phycocyanin ...) x 2
キーワードFLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / red algae (紅藻) / C-phycocyanin / pigment (顔料) / fluorescent (蛍光) / Phycobilisomes
機能・相同性
機能・相同性情報


: / フィコビリソーム / chloroplast thylakoid membrane / 光合成
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / フィコシアノビリン / C-phycocyanin beta chain / C-phycocyanin alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanidium caldarium (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ferraro, G. / Lucignano, R. / Marseglia, A. / Merlino, A.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2020
タイトル: X-ray structure of C-phycocyanin from Galdieria phlegrea: Determinants of thermostability and comparison with a C-phycocyanin in the entire phycobilisome.
著者: Ferraro, G. / Imbimbo, P. / Marseglia, A. / Lucignano, R. / Monti, D.M. / Merlino, A.
履歴
登録2020年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: C-phycocyanin alpha chain
BBB: C-phycocyanin beta chain
CCC: C-phycocyanin alpha chain
DDD: C-phycocyanin beta chain
EEE: C-phycocyanin alpha chain
FFF: C-phycocyanin beta chain
GGG: C-phycocyanin alpha chain
HHH: C-phycocyanin beta chain
III: C-phycocyanin alpha chain
JJJ: C-phycocyanin beta chain
KKK: C-phycocyanin alpha chain
LLL: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,59133
ポリマ－212,78412
非ポリマー10,80721
水21,8881215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area60350 Å2
ΔGint-516 kcal/mol
Surface area67910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.030, 189.130, 208.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11GGG-340-

HOH

21III-308-

HOH

31KKK-313-

HOH

41KKK-382-

HOH

-
要素

-
C-phycocyanin ... , 2種, 12分子 AAACCCEEEGGGIIIKKKBBBDDDFFFHHHJJJLLL

#1: タンパク質
C-phycocyanin alpha chain


分子量: 17260.398 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanidium caldarium (真核生物) / 参照: UniProt: O19910
#2: タンパク質
C-phycocyanin beta chain


分子量: 18203.604 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanidium caldarium (真核生物) / 参照: UniProt: O19909

-
非ポリマー , 4種, 1236分子

#3: 化合物
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN / フィコシアノビリン


分子量: 588.694 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.10 M Hepes, 0.20 M magnesium chloride and 9.0 % (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.96 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→94.744 Å / Num. obs: 217082 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rpim(I) all: 0.119 / Rrim(I) all: 0.255 / Net I/σ(I): 2.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 30323 / CC1/2: 0.061 / % possible all: 79.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
MOSFLMデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3brp

3brp


解像度: 1.8→94.744 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 7.529 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2682 11108 5.123 %
Rwork0.2211 --
all0.223 --
obs-216823 98.661 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.779 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.698 Å2-0 Å20 Å2
2---1.668 Å2-0 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→94.744 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14874 0 788 1215 16877
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01316018
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01714788
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5981.64521796
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4131.57934098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.65952020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.06620.383836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.401152465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.18115108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.22157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218782
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023304
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.23849
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.190.213736
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1610.27899
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.26965
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.21074
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0280.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1930.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1670.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1640.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3843.0918076
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.383.098074
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3024.62510096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3034.62610097
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.43.4387942
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.43.4387943
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1315.00811700
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1315.00811701
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.24438.2918643
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.16937.98718349
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8470.4718350.4714490X-RAY DIFFRACTION95.4829
1.847-1.8970.4197320.41914248X-RAY DIFFRACTION95.2926
1.897-1.9520.4047740.39713967X-RAY DIFFRACTION96.561
1.952-2.0120.3937580.38413732X-RAY DIFFRACTION97.6415
2.012-2.0780.3847490.37313421X-RAY DIFFRACTION98.3959
2.078-2.1510.3767130.34813112X-RAY DIFFRACTION99.3389
2.151-2.2330.3646760.31212713X-RAY DIFFRACTION99.4873
2.233-2.3240.3226960.26712208X-RAY DIFFRACTION99.7912
2.324-2.4270.3075840.23511828X-RAY DIFFRACTION99.6228
2.427-2.5450.2875930.2111282X-RAY DIFFRACTION99.8486
2.545-2.6830.2775670.19810762X-RAY DIFFRACTION99.9206
2.683-2.8460.2655680.18310201X-RAY DIFFRACTION99.9165
2.846-3.0420.2395290.1789550X-RAY DIFFRACTION99.8514
3.042-3.2860.2454970.1798955X-RAY DIFFRACTION99.9154
3.286-3.5990.2184230.1738259X-RAY DIFFRACTION99.5186
3.599-4.0240.2024260.1557504X-RAY DIFFRACTION99.7735
4.024-4.6450.1773360.1416682X-RAY DIFFRACTION99.9288
4.645-5.6880.2223060.1635678X-RAY DIFFRACTION99.9833
5.688-8.0370.2182170.1624500X-RAY DIFFRACTION99.8941
8-100.1531290.1492623X-RAY DIFFRACTION99.7463

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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