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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y1z | ||||||||||||
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タイトル | Mouse serotonin 5HT3 receptor in complex with palonosetron | ||||||||||||
要素 | 5-hydroxytryptamine receptor 3A | ||||||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Receptor / Pentameric ligand-gated ion channel / antiemetic | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / serotonin-activated cation-selective channel complex / serotonin receptor signaling pathway / serotonin binding / inorganic cation transmembrane transport / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / 分裂溝 / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / presynaptic membrane ...Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / serotonin-activated cation-selective channel complex / serotonin receptor signaling pathway / serotonin binding / inorganic cation transmembrane transport / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / 分裂溝 / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / neuron projection / 神経繊維 / neuronal cell body / glutamatergic synapse / シナプス / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zarkadas, E. / Perot, J. / Nury, H. | ||||||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: The Binding of Palonosetron and Other Antiemetic Drugs to the Serotonin 5-HT3 Receptor. 著者: Eleftherios Zarkadas / Hong Zhang / Wensheng Cai / Gregory Effantin / Jonathan Perot / Jacques Neyton / Christophe Chipot / Guy Schoehn / Francois Dehez / Hugues Nury / 要旨: Inaccurately perceived as niche drugs, antiemetics are key elements of cancer treatment alleviating the most dreaded side effect of chemotherapy. Serotonin 5-HT3 receptor antagonists are the most ...Inaccurately perceived as niche drugs, antiemetics are key elements of cancer treatment alleviating the most dreaded side effect of chemotherapy. Serotonin 5-HT3 receptor antagonists are the most commonly prescribed class of drugs to control chemotherapy-induced nausea and vomiting. These antagonists have been clinically successful drugs since the 1980s, yet our understanding of how they operate at the molecular level has been hampered by the difficulty of obtaining structures of drug-receptor complexes. Here, we report the cryoelectron microscopy structure of the palonosetron-bound 5-HT3 receptor. We investigate the binding of palonosetron, granisetron, dolasetron, ondansetron, and cilansetron using molecular dynamics, covering the whole set of antagonists used in clinical practice. The structural and computational results yield detailed atomic insight into the binding modes of the drugs. In light of our data, we establish a comprehensive framework underlying the inhibition mechanism by the -setron drug family. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6y1z.cif.gz | 374.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6y1z.ent.gz | 306.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6y1z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/6y1z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/6y1z | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 5分子 ADBCE
#1: タンパク質 | 分子量: 63682.719 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Htr3a, 5ht3, Htr3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23979 |
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-糖 , 3種, 15分子
#2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 3種, 15分子
#4: 化合物 | ChemComp-TRP / #5: 化合物 | ChemComp-HIS / #7: 化合物 | ChemComp-O7B / ( |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mouse serotonin 5-HT3 receptor in complex with palonosetron タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 53 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C5 (5回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 127971 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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