PDB-6xwk: Crystal structure of Phormidium rubidum phycocyanin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xwk

タイトル

Crystal structure of Phormidium rubidum phycocyanin

要素

Phycocyanin alpha subunit
Phycocyanin beta subunit

キーワード

PHOTOSYNTHESIS (光合成) /

Phycocyanin (フィコシアニン) /

Phycocyanobilin (フィコシアノビリン) / Light harvesting /

Cyanobacteria (藍藻)

機能・相同性

フィコシアノビリン /

イミダゾール / DI(HYDROXYETHYL)ETHER /

TRIETHYLENE GLYCOL

機能・相同性情報

生物種

Phormidium rubidum A09DM (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.17 Å

データ登録者

Sonani, R.R. / Roszak, A.W. / Cogdell, R.J. / Madamwar, D. / Liu, H. / Gross, M.L. / Blankenship, R.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Photosyn. Res. / 年: 2020
タイトル: Revisiting high-resolution crystal structure of Phormidium rubidum phycocyanin.
著者: Sonani, R.R. / Roszak, A.W. / Liu, H. / Gross, M.L. / Blankenship, R.E. / Madamwar, D. / Cogdell, R.J.

履歴

登録	2020年1月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xwk.cif.gz	164.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xwk.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xwk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/6xwk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/6xwk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yjjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ook-1 4f0t-1 6yqg-1 4z8k-1 1on7-2 2c7j-1 2c7l-1 4gy3-1 4yjj-1 6hrn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Phycocyanin alpha subunit

BBB: Phycocyanin beta subunit

ヘテロ分子

38.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Phycocyanin alpha subunit

BBB: Phycocyanin beta subunit

ヘテロ分子

AAA: Phycocyanin alpha subunit

BBB: Phycocyanin beta subunit

ヘテロ分子

AAA: Phycocyanin alpha subunit

BBB: Phycocyanin beta subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
114 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.320, 106.320, 58.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Phycocyanin alpha subunit 分子量: 17320.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phormidium rubidum A09DM (バクテリア)
#2: タンパク質	Phycocyanin beta subunit 分子量: 18154.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phormidium rubidum A09DM (バクテリア)

-
非ポリマー , 6種, 474分子

#3: 化合物	ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN / フィコシアノビリン分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#7: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.42 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: MPD, PEG1000, PEG3350, Diethylene glycol, Triethylene glycol, Tetraethylene glycol, Pentaethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.8492 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8492 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.17→39.39 Å / Num. obs: 127070 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 1.17→1.2 Å / Num. unique obs: 127070 / CC_1/2: 0.51

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4yjj

4yjj

解像度: 1.17→39.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.986 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.979 / SU B: 1.488 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.029 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.145	6165	4.853 %
R_work	0.1188	-	-
all	0.12	-	-
obs	-	127046	99.973 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.305 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.981 Å²	-0.491 Å²	0 Å²
2-	-	-0.981 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.184 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.17→39.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2484	0	190	463	3137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	2975
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2752
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.747	1.649	4055
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.71	1.584	6385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.83	5	399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.319	20.764	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.875	15	471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	33.699	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.377	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	385
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3609
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	638
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	731
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	2622
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	311
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.131	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.307	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.279	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.58	1.304	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.56	1.303	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.853	1.965	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.833	1.965	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.454	1.633	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.453	1.635	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.126	2.33	2183
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.127	2.332	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.81	18.383	3645
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.15	17.173	3502
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.404	3	5727

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.17-1.2	0.284	449	0.272	8926	X-RAY DIFFRACTION	99.968
1.2-1.233	0.259	408	0.251	8710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.233-1.269	0.22	471	0.22	8401	X-RAY DIFFRACTION	99.9887
1.269-1.308	0.208	413	0.205	8214	X-RAY DIFFRACTION	100
1.308-1.351	0.187	471	0.172	7872	X-RAY DIFFRACTION	100
1.351-1.398	0.177	389	0.156	7703	X-RAY DIFFRACTION	100
1.398-1.451	0.156	377	0.137	7415	X-RAY DIFFRACTION	99.9872
1.451-1.51	0.153	382	0.111	7133	X-RAY DIFFRACTION	99.9468
1.51-1.577	0.121	314	0.09	6881	X-RAY DIFFRACTION	99.9722
1.577-1.654	0.122	332	0.083	6554	X-RAY DIFFRACTION	99.9855
1.654-1.744	0.121	257	0.08	6329	X-RAY DIFFRACTION	99.9848
1.744-1.849	0.108	302	0.077	5871	X-RAY DIFFRACTION	99.9676
1.849-1.977	0.128	303	0.092	5564	X-RAY DIFFRACTION	99.983
1.977-2.135	0.125	257	0.097	5181	X-RAY DIFFRACTION	99.9816
2.135-2.338	0.119	277	0.087	4743	X-RAY DIFFRACTION	99.9403
2.338-2.613	0.116	210	0.089	4321	X-RAY DIFFRACTION	100
2.613-3.016	0.114	172	0.098	3852	X-RAY DIFFRACTION	99.9007
3.016-3.691	0.15	175	0.121	3254	X-RAY DIFFRACTION	99.9417
3.691-5.205	0.141	121	0.12	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
5.205-39.39	0.188	85	0.172	1429	X-RAY DIFFRACTION	99.6053

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