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- PDB-6xvi: Crystal structure of Megabody Mb-Nb207-c7HopQ_A12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xvi
タイトルCrystal structure of Megabody Mb-Nb207-c7HopQ_A12
要素Outer membrane protein,Outer membrane protein,Mb-Nb207-c7HopQ_A12
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Scaffold (足場) / Megabody
機能・相同性SabA, N-terminal extracellular adhesion domain / SabA N-terminal extracellular adhesion domain / Outer membrane protein, Helicobacter / Helicobacter outer membrane protein / Outer membrane protein
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
Helicobacter pylori G27 (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59599994893 Å
データ登録者Steyaert, J. / Uchanski, T. / Fischer, B.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO) ベルギー
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2021
タイトル: Megabodies expand the nanobody toolkit for protein structure determination by single-particle cryo-EM.
著者: Tomasz Uchański / Simonas Masiulis / Baptiste Fischer / Valentina Kalichuk / Uriel López-Sánchez / Eleftherios Zarkadas / Miriam Weckener / Andrija Sente / Philip Ward / Alexandre ...著者: Tomasz Uchański / Simonas Masiulis / Baptiste Fischer / Valentina Kalichuk / Uriel López-Sánchez / Eleftherios Zarkadas / Miriam Weckener / Andrija Sente / Philip Ward / Alexandre Wohlkönig / Thomas Zögg / Han Remaut / James H Naismith / Hugues Nury / Wim Vranken / A Radu Aricescu / Els Pardon / Jan Steyaert /
要旨: Nanobodies are popular and versatile tools for structural biology. They have a compact single immunoglobulin domain organization, bind target proteins with high affinities while reducing their ...Nanobodies are popular and versatile tools for structural biology. They have a compact single immunoglobulin domain organization, bind target proteins with high affinities while reducing their conformational heterogeneity and stabilize multi-protein complexes. Here we demonstrate that engineered nanobodies can also help overcome two major obstacles that limit the resolution of single-particle cryo-electron microscopy reconstructions: particle size and preferential orientation at the water-air interfaces. We have developed and characterized constructs, termed megabodies, by grafting nanobodies onto selected protein scaffolds to increase their molecular weight while retaining the full antigen-binding specificity and affinity. We show that the megabody design principles are applicable to different scaffold proteins and recognition domains of compatible geometries and are amenable for efficient selection from yeast display libraries. Moreover, we demonstrate that megabodies can be used to obtain three-dimensional reconstructions for membrane proteins that suffer from severe preferential orientation or are otherwise too small to allow accurate particle alignment.
履歴
登録2020年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein,Outer membrane protein,Mb-Nb207-c7HopQ_A12
B: Outer membrane protein,Outer membrane protein,Mb-Nb207-c7HopQ_A12
C: Outer membrane protein,Outer membrane protein,Mb-Nb207-c7HopQ_A12
D: Outer membrane protein,Outer membrane protein,Mb-Nb207-c7HopQ_A12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,8794
ポリマ－224,8794
非ポリマー00
水1,36976
1
A: Outer membrane protein,Outer membrane protein,Mb-Nb207-c7HopQ_A12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2201
ポリマ－56,2201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Outer membrane protein,Outer membrane protein,Mb-Nb207-c7HopQ_A12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2201
ポリマ－56,2201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Outer membrane protein,Outer membrane protein,Mb-Nb207-c7HopQ_A12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2201
ポリマ－56,2201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Outer membrane protein,Outer membrane protein,Mb-Nb207-c7HopQ_A12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2201
ポリマ－56,2201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.047, 117.376, 96.844
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.719, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: 抗体
Outer membrane protein,Outer membrane protein,Mb-Nb207-c7HopQ_A12


分子量: 56219.723 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain G27) (ピロリ菌), (組換発現) Helicobacter pylori G27 (ピロリ菌)
遺伝子: hopQ, HPG27_1120, hopQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5Z8H1
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Megabody Mb-Nb207-c7HopQ_A12 is a chimeric protein with circular permutation of HopQ: Residues 1-12: ...Megabody Mb-Nb207-c7HopQ_A12 is a chimeric protein with circular permutation of HopQ: Residues 1-12: a part of a β-strand A of the Nanobody fold. Residue 13: one amino acid linker. Residues 14-232: C-terminal part of HopQ (residues 288-446, UniProtKB B5Z8H1). Residues 233-400: N-terminal part of HopQ (residues 53-220, UniProtKB B5Z8H1). Residue 401: one amino acid linker. Residues 402-511: a part of the Nanobody fold. Residues 512-517: the His6 tag. Residues 518-521: the EPEA tag.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M BIS-Tris pH 5.0, 21% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96859 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96859 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59599994893→29.6203523595 Å / Num. obs: 62815 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3.21 % / Biso Wilson estimate: 66.0814790783 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 12.86
反射 シェル解像度: 2.6→2.75 Å / 冗長度: 2.76 % / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Num. unique obs: 7514 / CC1/2: 0.616 / Rrim(I) all: 0.787 / % possible all: 70.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LP2

5lp2


解像度: 2.59599994893→29.6203523595 Å / SU ML: 0.390138560687 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3575303206 / 位相誤差: 29.3401524681
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.250435429091 3140 4.99944273727 %0.05
Rwork0.223808320843 ---
obs0.225150860774 62807 94.6273334036 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 76.0978353974 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59599994893→29.6203523595 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12939 0 0 76 13015
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01273649448213139
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3191276236817795
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07351677141992030
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008363645009912314
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.57253699234779
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.596-2.63650.453668334078350.427721489267678X-RAY DIFFRACTION23.8941018767
2.6365-2.67970.3684832476141120.3339972644712114X-RAY DIFFRACTION73.8063660477
2.6797-2.72590.3596359449921480.3628355085562818X-RAY DIFFRACTION98.8996332111
2.7259-2.77540.3616661418221490.3416238408592825X-RAY DIFFRACTION99.431628218
2.7754-2.82880.3851069599911490.3179394442022839X-RAY DIFFRACTION99.26910299
2.8288-2.88650.3215327122251490.3094300060692830X-RAY DIFFRACTION99.6321070234
2.8865-2.94920.3060745133831510.2894991937512857X-RAY DIFFRACTION99.6356409407
2.9492-3.01770.3179100630821500.2945405361422867X-RAY DIFFRACTION99.6696399075
3.0177-3.09310.2949758950011510.28841321762854X-RAY DIFFRACTION99.7344839031
3.0931-3.17670.3261916990431480.2756886574282826X-RAY DIFFRACTION99.8992274101
3.1767-3.270.2473627032731500.2583380399062844X-RAY DIFFRACTION99.6007984032
3.27-3.37540.3136022209711510.2569575693772871X-RAY DIFFRACTION99.7689006273
3.3754-3.49590.2769377835911480.2401743823622806X-RAY DIFFRACTION99.3275050437
3.4959-3.63560.2735098126681500.2359674016142855X-RAY DIFFRACTION99.3060145406
3.6356-3.80080.2414879882211510.2194189534452853X-RAY DIFFRACTION99.1419141914
3.8008-4.00070.236832806241490.210440677242844X-RAY DIFFRACTION98.9748677249
4.0007-4.25070.2207708227811500.1988964479512839X-RAY DIFFRACTION99.2034517093
4.2507-4.57780.2192042050351480.1826903678382826X-RAY DIFFRACTION98.444223767
4.5778-5.03640.2115888625741510.1756537055652852X-RAY DIFFRACTION98.750411049
5.0364-5.76060.2426694306291490.1999955111242838X-RAY DIFFRACTION98.9072847682
5.7606-7.24010.245880491151510.2124945374072867X-RAY DIFFRACTION98.3382209189
7.2401-29.62035235950.190787208891500.1902134489482864X-RAY DIFFRACTION97.5404530744
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.77209441889-0.28030970620.6957206248334.22133705251-0.7723101491025.0711428492-0.1638876866690.2661952124980.180435097697-0.4381581829250.03121686385920.104834439466-0.113760864223-0.4511344081920.09743466537460.4961287799220.01227328862550.04192579321460.583469660278-0.1079376673710.42121287949481.5398600161.24247635817-69.1087545194
23.96121124006-0.2310382350693.976053151870.781587706955-1.635710259097.84275568240.1546328391130.17659632558-0.293253023374-0.143731109629-0.0327528611176-0.1445195181190.4307058466430.441992842691-0.119867565690.4042079630030.06709824269620.07911600291530.48985874553-0.005191439313280.5748105285997.3901764573-6.43807034938-50.2635113117
37.82143764613-0.2485272048351.374767567627.99031599836-2.329569102526.26136693507-0.142537629805-0.0322702145667-0.4300677391410.04054663715210.6291049152870.240866017901-0.0682583124255-0.778964259446-0.4801393420650.2921920571420.03659040774730.06445318165380.6187193635520.2382496954320.530401800738124.547690471-9.47179394236-30.2336507897
42.638197762371.871665689431.645449862941.785908764271.953925596951.773180876270.604282896947-0.46445954639-0.5943138010780.571510230984-0.352562294165-0.1403061433340.666584178229-0.325986726366-0.2068763469560.681127251826-0.0520317598192-0.03888360833930.4484143870480.1008979884090.72504398886582.1664815793-22.5664850365-99.1931367886
53.670507331275.263731480692.501799885448.36231825034.064442014552.716802369540.516483001101-0.120091574797-0.4633294514641.13715513455-0.0575017796298-0.5597191234080.723800587435-0.0278036720045-0.4720028523060.592441425319-0.0225558694395-0.1146849878410.4992717591330.06824213838390.627229105061102.762676448-6.27813687791-84.1120407717
63.77438453175.820093717753.944191038939.28024148235.667913352683.50161400330.04521290257070.277739055866-0.6085342363220.8279081054830.720723113246-0.9499312230670.7089177843120.806928519226-0.7387125767180.626895371926-0.0164807829072-0.05685502885740.501357262885-0.01271760533660.794566919343112.9189998538.71283634987-79.3114057604
73.202150275592.2899690621.270020889987.241960101311.875343445644.781303748980.2828537245340.222401729531-1.332023185390.4287828465480.31272288626-0.3264862241930.757367472906-0.601546261078-0.5928680077630.60290987383-0.11556420381-0.1508545271990.4719082480650.1062028382650.51018204198586.9077007288-22.3991714865-94.1913820772
84.685952681322.001849590893.338787142741.688306685083.181018406244.427412224620.109963686306-0.0876448731528-0.2389965536450.1273675652440.115188397197-0.07910636852170.141457720571-0.256423049592-0.2323928068530.335442588036-0.0155989021325-0.04070532656270.3048332393570.08067263095040.53563679907483.1057549796-18.8466395154-102.443576088
97.22248316154-1.618465075310.5140024472798.456842598110.2552726133997.64679802137-0.166878995706-0.0296068575099-0.5442105063610.2718217497330.239392043042-0.2126914271390.4069733156110.201692561234-0.06119607724060.300565421484-0.008563614075120.01191958933780.280604203309-0.03758058371480.4289480131453.270486555-24.1099263001-115.888412329
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 194 through 315 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 316 through 409 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 410 through 510 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 2 through 74 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 75 through 210 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 211 through 277 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 278 through 315 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 316 through 409 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 410 through 511 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 2 through 193 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 194 through 315 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 316 through 409 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 410 through 510 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 2 through 193 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 194 through 315 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 316 through 409 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 410 through 510 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 2 through 74 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 75 through 193 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る