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- PDB-6xs8: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Vps29 complexed with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xs8
タイトルCrystal structure of Chaetomium thermophilum Vps29 complexed with RaPID-derived cyclic peptide RT-D3
要素
  • 48V-DTY-GLY-TYR-ASP-PRO-LEU-GLY-LEU-LYS-TYR-PHE-ALA
  • Vacuolar protein sorting-associated protein 29液胞
キーワードPROTEIN TRANSPORT/INHIBITOR / Vps29 / Retromer (レトロマー) / Endosome (エンドソーム) / Protein transport / cyclic peptide (環状ペプチド) / inhibitor (酵素阻害剤) / PROTEIN TRANSPORT-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


retromer complex / retrograde transport, endosome to Golgi / protein transport / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / Phosphodiesterase MJ0936/Vps29 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, lpxH-type / Calcineurin-like phosphoesterase superfamily domain / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar protein sorting-associated protein 29
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95009854987 Å
データ登録者Chen, K.-E. / Guo, Q. / Collins, B.M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP160101743 オーストラリア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: De novo macrocyclic peptides for inhibiting, stabilizing, and probing the function of the retromer endosomal trafficking complex.
著者: Kai-En Chen / Qian Guo / Timothy A Hill / Yi Cui / Amy K Kendall / Zhe Yang / Ryan J Hall / Michael D Healy / Joanna Sacharz / Suzanne J Norwood / Sachini Fonseka / Boyang Xie / Robert C Reid ...著者: Kai-En Chen / Qian Guo / Timothy A Hill / Yi Cui / Amy K Kendall / Zhe Yang / Ryan J Hall / Michael D Healy / Joanna Sacharz / Suzanne J Norwood / Sachini Fonseka / Boyang Xie / Robert C Reid / Natalya Leneva / Robert G Parton / Rajesh Ghai / David A Stroud / David P Fairlie / Hiroaki Suga / Lauren P Jackson / Rohan D Teasdale / Toby Passioura / Brett M Collins /
要旨: The retromer complex (Vps35-Vps26-Vps29) is essential for endosomal membrane trafficking and signaling. Mutation of the retromer subunit Vps35 causes late-onset Parkinson’s disease, while viral and ...The retromer complex (Vps35-Vps26-Vps29) is essential for endosomal membrane trafficking and signaling. Mutation of the retromer subunit Vps35 causes late-onset Parkinson’s disease, while viral and bacterial pathogens can hijack the complex during cellular infection. To modulate and probe its function, we have created a novel series of macrocyclic peptides that bind retromer with high affinity and specificity. Crystal structures show that most of the cyclic peptides bind to Vps29 via a Pro-Leu–containing sequence, structurally mimicking known interactors such as TBC1D5 and blocking their interaction with retromer in vitro and in cells. By contrast, macrocyclic peptide RT-L4 binds retromer at the Vps35-Vps26 interface and is a more effective molecular chaperone than reported small molecules, suggesting a new therapeutic avenue for targeting retromer. Last, tagged peptides can be used to probe the cellular localization of retromer and its functional interactions in cells, providing novel tools for studying retromer function.
履歴
登録2020年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
B: 48V-DTY-GLY-TYR-ASP-PRO-LEU-GLY-LEU-LYS-TYR-PHE-ALA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9552
ポリマ－23,9552
非ポリマー00
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, ctVps29 maintained the monomeric state in the presence of RT-D3.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.520, 47.520, 170.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-456-

HOH

21B-105-

HOH

31B-107-

HOH

41B-109-

HOH

51B-110-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / 液胞


分子量: 22387.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RZB5
#2: タンパク質・ペプチド 48V-DTY-GLY-TYR-ASP-PRO-LEU-GLY-LEU-LYS-TYR-PHE-ALA


分子量: 1567.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Cyclic peptide RT-D3 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.18 M ammonium citrate dibasic and 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→42.75 Å / Num. obs: 20527 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 16.885 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 28 / Num. measured all: 209530 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.83-1.8710.50.1461261612060.9950.0470.1549.599
8.97-42.755.80.0289771690.9990.0120.03136.373.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.83 Å41.15 Å
Translation1.83 Å41.15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.10.1精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W8M

5w8m


解像度: 1.95009854987→41.1509291116 Å / SU ML: 0.199634091036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.266463367
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251255925476 872 5.14697202219 %
Rwork0.204687714451 16070 -
obs0.20705055269 16942 98.6721025044 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.446980057 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95009854987→41.1509291116 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1549 0 0 166 1715
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01114802103171630
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.314434894232216
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0736810685054256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00813673023727282
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.431754629613
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9501-2.07230.2667132080141520.2204568985852597X-RAY DIFFRACTION98.2487491065
2.0723-2.23230.2379798566961160.2159063834872634X-RAY DIFFRACTION98.7787356322
2.2323-2.45690.3229774577671750.2510619941432600X-RAY DIFFRACTION98.9304812834
2.4569-2.81230.2445571468751310.20526453182727X-RAY DIFFRACTION99.9650227352
2.8123-3.54290.2743609345951420.1913562694942727X-RAY DIFFRACTION99.9651567944
3.5429-41.15090.2047026129481560.1867136833452785X-RAY DIFFRACTION96.2999345121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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