PDB-6xpl: CutR Screw, form 2 with 33.8 angstrom pitch

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xpl

タイトル

CutR Screw, form 2 with 33.8 angstrom pitch

要素

Ethanolamine utilization protein EutS

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) /

microcompartment / MCP / shell protein / BMC

機能・相同性

Bacterial microcompartment shell protein EutS/PduU/CutR /

bacterial microcompartment /

BMC domain /

Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Bacterial microcompartment shell protein CutR

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus intermedius SK54 = ATCC 27335 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Ochoa, J.M. / Sawaya, M.R. / Nguyen, V.N. / Duilio, C. / Yeates, T.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Symmetry breaking and structural polymorphism in a bacterial microcompartment shell protein for choline utilization.
著者: Ochoa, J.M. / Nguyen, V.N. / Nie, M. / Sawaya, M.R. / Bobik, T.A. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2020年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年11月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2021年6月30日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_reflns_twin Item: _pdbx_reflns_twin.crystal_id / _pdbx_reflns_twin.diffrn_id
改定 1.4	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xpl.cif.gz	35.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xpl.ent.gz	20 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xpl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xpl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xpl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xphC 6xpiC 6xpjC 6xpkSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4d2n-1 1r8h-d 6ugw-1 4d2n-2 5hcv-d 5dk2-1 3v7m-1 6xpk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (4) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Ethanolamine utilization protein EutS

13.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ethanolamine utilization protein EutS

登録者が定義した集合体
79.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z+1/3	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z+2/3	1
crystal symmetry operation	4_555	-x,-y,z+1/2	1
crystal symmetry operation	5_555	y,-x+y,z+5/6	1
crystal symmetry operation	6_555	x-y,x,z+1/6	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.910, 64.910, 33.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Ethanolamine utilization protein EutS 分子量: 13280.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus intermedius SK54 = ATCC 27335 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF1654_00416 / プラスミド: pET-24a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2IV13

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 20.49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Bis-Tris propane, 8.52% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.7363
pseudo-merohedral	1	1	-K, -H, -L	2	0.2637

反射

解像度: 3.3→56.214 Å / Num. obs: 1286 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.579 % / B_iso Wilson estimate: 81.695 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.236 / R_rim(I) all: 0.268 / Χ²: 0.755 / Net I/σ(I): 4.63

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
3.3-3.5	4.543	1.337	0.98	208	0.511	1.51	99.5
3.5-3.76	4.229	0.931	1.5	205	0.464	1.067	99
3.76-3.97	5.085	0.636	2.23	118	0.875	0.709	100
3.97-4.21	4.878	0.505	2.62	123	0.88	0.565	100
4.21-4.86	4.765	0.325	4.67	221	0.924	0.365	100
4.86-5.95	4.786	0.302	4.73	182	0.953	0.34	100
5.95-8.4	4.207	0.16	8.15	145	0.979	0.184	98.6
8.4-56.214	4.071	0.047	21.23	84	0.996	0.054	95.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.7 Å	56.21 Å
Translation	3.7 Å	56.21 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6XPK

6xpk

解像度: 3.3→56.214 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 30.858 / SU ML: 0.464 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.151 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2654	151	11.797 %
R_work	0.2193	1129	-
all	0.225	-	-
obs	-	1280	99.533 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 123.909 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-50.17 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-50.17 Å²	-0 Å²
3-	-	-	100.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→56.214 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	720	0	0	0	720

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	731
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	686
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.011	0.01	2762
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.306	1.623	997
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.069	1.565	1589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.26	5	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.01	25.357	28
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.03	15	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.338	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.037	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	827
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	136
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.153	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.159	0.2	622
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.144	0.2	351
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	354
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.077	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.197	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	19.982	12.853	391
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	19.955	12.851	390
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	28.386	19.01	487
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	28.377	19.009	488
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	19.99	14.232	340
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	20.006	14.234	339
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	29.577	20.748	510
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	29.559	20.739	510
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	39.99	313.833	2833
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	40.001	313.823	2829

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3-3.386	0.296	13	0.334	79	X-RAY DIFFRACTION	96.8421
3.386-3.478	0.275	7	0.339	91	X-RAY DIFFRACTION	100
3.478-3.579	0.335	10	0.259	66	X-RAY DIFFRACTION	97.4359
3.579-3.688	0.348	9	0.299	79	X-RAY DIFFRACTION	100
3.688-3.809	0.214	16	0.251	67	X-RAY DIFFRACTION	100
3.809-3.942	0.271	10	0.217	64	X-RAY DIFFRACTION	100
3.942-4.09	0.214	5	0.254	84	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.256	0.458	8	0.253	63	X-RAY DIFFRACTION	100
4.256-4.444	0.207	12	0.175	58	X-RAY DIFFRACTION	100
4.444-4.659	0.169	5	0.166	67	X-RAY DIFFRACTION	100
4.659-4.91	0.155	7	0.141	60	X-RAY DIFFRACTION	100
4.91-5.205	0.311	6	0.154	56	X-RAY DIFFRACTION	100
5.205-5.561	0.57	8	0.241	50	X-RAY DIFFRACTION	100
5.561-6.001	0.389	7	0.205	49	X-RAY DIFFRACTION	100
6.001-6.567	0.397	6	0.251	47	X-RAY DIFFRACTION	100
6.567-7.329	0.236	5	0.195	42	X-RAY DIFFRACTION	97.9167
7.329-8.439	0.35	6	0.138	34	X-RAY DIFFRACTION	100
8.439-10.278	0.107	5	0.123	32	X-RAY DIFFRACTION	100
10.278-14.299	0.153	4	0.171	24	X-RAY DIFFRACTION	100
14.299-56.214	0.476	2	0.425	17	X-RAY DIFFRACTION	100

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