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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xnl | |||||||||
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タイトル | GCN4-p1 Peptide Trimer with iodo-phenylalanine residue at position 16 (IPF-F16) | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Coil-coil / p-methylphenylalanine modified phenylalanine | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II ...protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / cellular response to amino acid starvation / RNA polymerase II transcription regulator complex / : / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Rowe Hartje, R.K. / Czarny, R.S. / Ho, A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Engineering Specific Protein-Protein Interactions Through Halogen and Hydrogen Bonds 著者: Rowe Hartje, R.K. / Ferrero, M. / Cavallo, G. / Metrangolo, P. / Ho, A. / Czarny, R. / Ho, P.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xnl.cif.gz | 60.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xnl.ent.gz | 37.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xnl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/6xnl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/6xnl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3821.272 Da / 分子数: 1 / 変異: IPF-F16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P03069 | ||||||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3619.280 Da / 分子数: 2 / 変異: N16A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P03069 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.46 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Crystallization drops were prepared by mixing 2 uL of stock peptide solution with 2 uL of mother liquor and allowed to equilibrate at 298 K over a well containing 500 uL of mother liquor. The ...詳細: Crystallization drops were prepared by mixing 2 uL of stock peptide solution with 2 uL of mother liquor and allowed to equilibrate at 298 K over a well containing 500 uL of mother liquor. The stock peptide solution (total concentration 1.5 mM) was prepared by mixing 2:1 ratios of the A16 peptide with IPF-F16 in 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride pH 7.0. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.83 Å |
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年1月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.83 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→19.85 Å / Num. obs: 8716 / % possible obs: 97.92 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 34.53 Å2 / CC1/2: 0.986 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.07098 / Rpim(I) all: 0.07098 / Rrim(I) all: 0.1004 / Net I/σ(I): 14.32 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.4292 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / Num. unique obs: 695 / CC1/2: 0.462 / Rpim(I) all: 0.4292 / Rrim(I) all: 0.607 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1SWI 解像度: 2.2→19.85 Å / SU ML: 0.4276 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.59 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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