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- PDB-6xi1: Crystal structure of tetra-tandem repeat in extending RTX adhesin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xi1
タイトルCrystal structure of tetra-tandem repeat in extending RTX adhesin from Aeromonas hydrophila
要素Flagellin hook IN motif family
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Beta-sandwich domains / Bacterial adhesin (アドヘシン) / RTX protein / Adhesion protein (接着) / calcium binding protein (カルシウム結合タンパク質) / VCBS-repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
VCBS repeat / Type I secretion C-terminal target domain, VC_A0849 subclass / RapA2, cadherin-like domain / Bacterial cadherin-like domain / Bacterial Ig-like domain 13 / Bacterial Ig-like domain / CalX-like domain superfamily / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat ...VCBS repeat / Type I secretion C-terminal target domain, VC_A0849 subclass / RapA2, cadherin-like domain / Bacterial cadherin-like domain / Bacterial Ig-like domain 13 / Bacterial Ig-like domain / CalX-like domain superfamily / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Flagellin hook IN motif family
類似検索 - 構成要素
生物種Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Ye, Q. / Vance, T.D.R. / Conroy, B. / Davies, P.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2016-04810 カナダ
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2020
タイトル: Essential role of calcium in extending RTX adhesins to their target.
著者: Vance, T.D.R. / Ye, Q. / Conroy, B. / Davies, P.L.
履歴
登録2020年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Flagellin hook IN motif family
BBB: Flagellin hook IN motif family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,00945
ポリマ－90,5822
非ポリマー2,42743
水17,547974
1
AAA: Flagellin hook IN motif family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,42322
ポリマ－45,2911
非ポリマー1,13221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
BBB: Flagellin hook IN motif family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,58623
ポリマ－45,2911
非ポリマー1,29522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.670, 50.370, 124.600
Angle α, β, γ (deg.)97.555, 98.244, 101.719
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 Flagellin hook IN motif family


分子量: 45291.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila (strain ATCC 7966 / DSM 30187 / JCM 1027 / KCTC 2358 / NCIMB 9240) (エロモナス・ハイドロフィラ)
株: ATCC 7966 / DSM 30187 / JCM 1027 / KCTC 2358 / NCIMB 9240
遺伝子: AHA_3491 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0KNW4

-
非ポリマー , 6種, 1017分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 974 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.02 %
結晶化温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6 / 詳細: PEG 20,000, sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月12日 / 詳細: ultra-low expansion titanium siliicate flat mirror
放射モノクロメーター: DCM, Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→48.64 Å / Num. obs: 108730 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 21.075 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 5282 / CC1/2: 0.859 / Rpim(I) all: 0.483 / Rrim(I) all: 0.96 / Χ2: 0.9 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
PHENIXモデル構築
BUCCANEERモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→48.638 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.802 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.099 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2098 5436 5.001 %
Rwork0.1812 103270 -
all0.183 --
obs-108706 97.26 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 25.274 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.474 Å2-1.677 Å2-1.366 Å2
2---1.162 Å2-2.253 Å2
3---2.643 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→48.638 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6012 0 114 974 7100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0136151
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0175439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5741.6468415
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5391.57112675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4025849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.50827.885227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.4515875
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2933
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027041
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021043
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2480.21125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1950.24984
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1520.23091
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0890.22667
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2772
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1260.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2160.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.150.236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1472.5493402
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1452.5483401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8763.8134249
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8763.8144250
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9912.822749
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9912.8212750
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3834.124166
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3824.124167
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.05832.747026
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.59431.9196697
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0780.0512403
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.75-1.7950.3153940.31574850.31582660.6050.60995.31820.285
1.795-1.8440.293860.27873330.27980540.7720.76495.84060.25
1.844-1.8980.2713770.24771530.24978430.8430.84296.00920.221
1.898-1.9560.263640.22569170.22775560.8640.8896.36050.202
1.956-2.020.2453580.20968050.21174240.8950.90896.48440.19
2.02-2.0910.2453450.20565550.20771440.9030.91196.58450.185
2.091-2.170.2223330.18763380.18868750.9230.93597.03270.171
2.17-2.2580.2123210.18760950.18866080.9260.93697.09440.17
2.258-2.3580.2343090.18458720.18763370.9170.93897.53830.171
2.358-2.4730.2172970.17756370.17960720.9360.94697.72730.165
2.473-2.6070.2232820.18153600.18357630.9260.94497.90040.173
2.607-2.7640.2272670.17650780.17854490.9320.94998.09140.173
2.764-2.9540.2182550.17848300.1851790.940.94798.1850.18
2.954-3.190.1772340.15544550.15647560.960.96298.59120.161
3.19-3.4930.1922160.17741000.17843750.9510.95498.65140.189
3.493-3.9030.1941970.16237540.16440040.9510.9698.67630.18
3.903-4.5020.1621740.14632970.14734940.9660.97299.34170.172
4.502-5.5020.1781470.15328020.15429690.9680.97199.32640.181
5.502-7.7310.1861150.16221790.16323070.9630.9799.43650.192
7.731-48.6380.175650.16212250.16212920.9710.96899.84520.194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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