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- PDB-6x94: An orthogonal seryl-tRNA synthetase/tRNA pair for noncanonical am... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x94
タイトルAn orthogonal seryl-tRNA synthetase/tRNA pair for noncanonical amino acid mutagenesis in Escherichia coli
要素Serine--tRNA ligase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Serine tRNA-ligase / Protein translation (翻訳 (生物学)) / Serine aminoacylation / Non-hydrolyzable Serine-AMP
機能・相同性
機能・相同性情報


: / selenocysteine biosynthetic process / セリンtRNAリガーゼ / serine-tRNA ligase activity / seryl-tRNA aminoacylation / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / THIOCYANATE ION / 5'-O-(N-(L-SERYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / Serine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina mazei (メタノサルキナ属)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Zambaldo, C. / Koh, M. / Nasertorabi, F. / Han, G.W. / Chatterjee, A. / Stevens, R.C. / Schultz, P.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 - GM062159 米国
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: An orthogonal seryl-tRNA synthetase/tRNA pair for noncanonical amino acid mutagenesis in Escherichia coli.
著者: Zambaldo, C. / Koh, M. / Nasertorabi, F. / Han, G.W. / Chatterjee, A. / Stevens, R.C. / Schultz, P.G.
履歴
登録2020年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,85413
ポリマ－48,6591
非ポリマー1,19512
水12,304683
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Size Exclusion Chromatography
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area20000 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)72.782, 159.415, 84.004
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-923-

HOH

21A-1018-

HOH

31A-1161-

HOH

41A-1210-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serine--tRNA ligase / Seryl-tRNA synthetase / SerRS / Seryl-tRNA(Ser/Sec) synthetase


分子量: 48659.363 Da / 分子数: 1 / 変異: E402V E416V K419P V420E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (strain ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88) (メタノサルキナ属)
株: ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88
遺伝子: serS, MM_0865 / プラスミド: pET22b
詳細 (発現宿主): T7 RNA polimerase (IPTG indicuble expression system), Ampicillin resistant
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PYJ6, セリンtRNAリガーゼ

-
非ポリマー , 7種, 695分子

#2: 化合物 ChemComp-SSA / 5'-O-(N-(L-SERYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / 5′-O-(L-セリルスルファモイル)アデノシン


分子量: 433.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N7O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン / チオシアン酸塩


分子量: 58.082 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 683 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 % / 解説: Large, rectangular 20 x 30 x (50-300) um
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 18% PEG3350, 200 mM thiocyanate / PH範囲: 6.5 - 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryo / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月6日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→79.707 Å / Num. obs: 86540 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.063 / Rsym value: 0.06 / Net I/av σ(I): 8.8 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.45-1.53101.1540.7125510.7250.3831.2171.154100
1.53-1.629.60.6911.1118260.2320.730.69199.8
1.62-1.7310.20.4221.9111750.1380.4440.422100
1.73-1.879.80.2433.2103750.0810.2570.24399.9
1.87-2.0510.10.1415.596040.0460.1480.141100
2.05-2.2910.10.0878.687060.0290.0920.087100
2.29-2.659.70.05912.477040.020.0620.05999.9
2.65-3.249.70.04215.565540.0140.0450.042100
3.24-4.599.30.03120.651280.010.0320.03199.9
4.59-29.2049.20.02524.329170.0080.0260.02599.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2DQ3

2dq3


解像度: 1.45→29.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.051 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1685 4206 4.9 %RANDOM
Rwork0.1442 ---
obs0.1454 82304 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.21 Å2 / Biso mean: 22.611 Å2 / Biso min: 12.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å20 Å2
2---0.75 Å20 Å2
3---0.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→29.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3279 0 71 694 4044
Biso mean--27.6 38.34 -
残基数----413
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0133607
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0173409
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9371.6654903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5251.587938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9455463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.21221.9200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.18815652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3071530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2473
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.024033
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02761
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 321 -
Rwork0.25 6042 -
all-6363 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3568-0.0180.54310.103-0.04810.87010.0281-0.08770.01240.0149-0.04530.03120.0792-0.14910.01720.0393-0.04020.00980.0692-0.00760.0348-56.5991-31.5887-17.6438
22.45440.56920.87261.37450.93330.8580.18-0.1032-0.25970.2157-0.1137-0.04090.2628-0.0947-0.06630.117-0.0278-0.00630.0230.02070.0419-27.6237-31.275110.1313
30.4575-0.12360.20910.23050.03960.1430.0053-0.06490.04440.0727-0.0224-0.00360.0439-0.04780.01710.0513-0.0008-0.00990.06530.00780.0283-20.7904-1.84420.3293
40.1556-0.14960.00850.70960.45460.38440.0083-0.00840.00050.01510.0071-0.04450.01320.0024-0.01540.03280.0024-0.00350.04590.00780.0654-12.9491-5.623.7011
50.00530.03750.02140.31830.18160.1055-0.0040.00240.0026-0.0031-0.02560.03750.0023-0.01010.02960.0328-0.00210.01530.0526-0.00370.057-32.676-11.8709-6.6739
60.12730.05320.09530.09720.08420.16240.0151-0.014-0.01340.0196-0.0244-0.03480.0375-0.02560.00930.0443-0.00210.00330.03750.00380.0511-23.6537-19.25182.7712
70.22630.24030.07940.34640.13280.7762-0.0097-0.006-0.02140.03840.0224-0.09770.00610.0443-0.01260.02670.0063-0.0420.0653-0.00340.0722-7.9375-2.506416.7999
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2A106 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3A127 - 168
4X-RAY DIFFRACTION4A169 - 188
5X-RAY DIFFRACTION5A189 - 247
6X-RAY DIFFRACTION6A248 - 390
7X-RAY DIFFRACTION7A391 - 420

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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