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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6x1x | ||||||
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タイトル | PDZ domain from choanoflagellate GIPC (mbGIPC) | ||||||
要素 | mbGIPC protein | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / PDZ / protein-protein interaction (タンパク質間相互作用) / peptide-binding domain / choanoflagellate (襟鞭毛虫) / Monosiga brevicollis | ||||||
機能・相同性 | PDZ domain-containing protein GIPC1/2/3 / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / PDZ domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Monosiga brevicollis (立襟鞭毛虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.198 Å | ||||||
データ登録者 | Gao, M. / Amacher, J.F. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020 タイトル: Structural characterization and computational analysis of PDZ domains in Monosiga brevicollis. 著者: Gao, M. / Mackley, I.G.P. / Mesbahi-Vasey, S. / Bamonte, H.A. / Struyvenberg, S.A. / Landolt, L. / Pederson, N.J. / Williams, L.I. / Bahl, C.D. / Brooks 3rd, L. / Amacher, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6x1x.cif.gz | 38.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6x1x.ent.gz | 24 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6x1x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/6x1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/6x1x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10406.070 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain (UNP residues 94-187) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Monosiga brevicollis (立襟鞭毛虫) 遺伝子: 39217 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A9VCZ3 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.39 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M ammonium tartrate dibasic, pH 7.0, 12% w/v PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月10日 | |||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97741 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.198→41.386 Å / Num. obs: 28166 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 5.34 % / Biso Wilson estimate: 12.3 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.914 / Net I/σ(I): 31.9 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 5V6B 解像度: 1.198→41.386 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.35 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 45.64 Å2 / Biso mean: 12.373 Å2 / Biso min: 3.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.198→41.386 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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