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- PDB-6x05: Nup133 (aa55-481) from S. cerevisiae bound by VHH-SAN4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x05
タイトルNup133 (aa55-481) from S. cerevisiae bound by VHH-SAN4
要素
  • Nucleoporin NUP133
  • VHH-SAN4
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Nucleoporin (ヌクレオポリン) / Nanobody (ナノボディ)
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA export from nucleus in response to heat stress / nuclear pore localization / telomere tethering at nuclear periphery / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore outer ring / tRNA export from nucleus / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / silent mating-type cassette heterochromatin formation ...mRNA export from nucleus in response to heat stress / nuclear pore localization / telomere tethering at nuclear periphery / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore outer ring / tRNA export from nucleus / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / silent mating-type cassette heterochromatin formation / poly(A)+ mRNA export from nucleus / subtelomeric heterochromatin formation / 核膜孔 / protein import into nucleus / double-strand break repair / 核膜 / 核膜 / chromosome, telomeric region / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Nuclear pore complex protein Nup133-like / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, C-terminal / Non-repetitive/WGA-negative nucleoporin C-terminal / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NUP133
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nordeen, S.A. / Schwartz, T.U.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM077537 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Yeast Nup84-Nup133 complex structure details flexibility and reveals conservation of the membrane anchoring ALPS motif.
著者: Nordeen, S.A. / Turman, D.L. / Schwartz, T.U.
履歴
登録2020年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年3月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_sheet_range
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id ..._entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _software.version / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
解説: Model completeness / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin NUP133
K: VHH-SAN4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0002
ポリマ－62,0002
非ポリマー00
水4,234235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.381, 154.693, 41.423
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Nucleoporin NUP133 / Nuclear pore protein NUP133


分子量: 48493.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NUP133, RAT3, YKR082W, YKR402 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LOBSTR / 参照: UniProt: P36161
#2: 抗体 VHH-SAN4


分子量: 13505.921 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LOBSTR
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 24% PEG 3,350, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→59.57 Å / Num. obs: 39093 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 32.43 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / Num. unique obs: 3828 / CC1/2: 0.51 / Rpim(I) all: 0.48

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q9T

4q9t


解像度: 2.1→59.57 Å / SU ML: 0.2187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.1084
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2188 1843 5.12 %
Rwork0.1742 34124 -
obs0.1765 35967 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→59.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3912 0 0 235 4147
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00824002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04785421
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0595614
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061688
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7118538
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.160.28391390.24542574X-RAY DIFFRACTION99.82
2.16-2.220.29011400.22662586X-RAY DIFFRACTION99.89
2.22-2.290.25031390.20592591X-RAY DIFFRACTION99.89
2.29-2.370.27161390.20532559X-RAY DIFFRACTION99.89
2.37-2.470.23641400.19752606X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.580.26491420.192621X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.720.24491380.1892560X-RAY DIFFRACTION99.93
2.72-2.890.2441400.18842601X-RAY DIFFRACTION99.78
2.89-3.110.24431430.19412637X-RAY DIFFRACTION99.93
3.11-3.420.20531420.16352631X-RAY DIFFRACTION100
3.42-3.920.22171430.15232646X-RAY DIFFRACTION99.86
3.92-4.940.14411440.13162682X-RAY DIFFRACTION100
4.94-59.570.21731540.17882830X-RAY DIFFRACTION99.53
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.72113900068-4.63530594813-2.318812529178.358231163242.557812572751.740708727290.2436699025590.07020027114220.725046362404-0.2868195904340.076324604323-0.297359443582-0.3161134026450.0213613521442-0.3378009407410.2677772159640.04467285179950.01255418039750.2870433617890.05696260771850.309630716289-5.2705343943.18211066787.54823542761
27.738160981622.295912470277.159793557561.110724127442.783649155278.19858393228-0.4963718511850.4714268922750.685531536087-0.1071186388170.0181917802790.0866075228689-0.3947140888890.5860242432750.470403804830.3718613184070.1037132817880.01866690615270.3252408459890.06250897446810.476882186652-22.568956932247.92893883419.63885573384
31.74869355032-1.663522138780.6821146313935.89144648992-1.024483369370.493651340624-0.150995886466-0.1316529384870.3131952659120.1679212275940.133356848730.151916314321-0.276356395022-0.2834462621960.005709159694210.3082650217540.1041690625170.04263730139810.3784968246510.01608393274150.303634074443-23.218603268237.916727824221.022960209
41.31662316607-0.174768786921-0.3976379457691.78525374631-1.665609096192.40081230994-0.07189602289660.0745854094718-0.0103074823886-0.05625186549870.07448183663810.06209077607690.0409454946378-0.142222409102-0.0002092573582150.2066153581830.02042141028860.0009963498377260.160238081247-0.02310764125970.15343362376-4.7547118547523.085968361917.6002102756
53.84661960704-1.107499011691.043187175696.9623836801-2.804154964272.926479798380.0105759336190.0789524527891-0.100841293993-0.4841062217280.3110395890070.6662083473090.275399197933-0.577446008969-0.3121311917180.227406244237-0.0292903738850.002631612219940.2924097605680.04798680524850.280508892689-17.9579233816-8.8536966902436.8567419971
68.54689995002-2.27504773776-1.971919094656.209937538073.007069085866.983788711880.356920275524-0.2628595252160.5921160747340.316063774711-0.1177139825540.149913728929-1.31540736274-0.0809467468376-0.2696717560540.3990272673230.06562908028650.010638568880.2128273299320.004479108912220.281014124744-12.200860426-2.1153635511341.2683485769
75.51274386301-1.641167252980.157356932815.26157041191-1.025228582067.55385887865-0.0991298826423-0.03068879769560.121958338370.01240702517240.158720897285-0.0839950133992-0.04880777010070.149348410707-0.04467799073440.1669323913690.00883942914786-0.004750652586970.1309900022450.02168537620620.175657863386-11.2098795787-10.230049732541.3860196596
82.74221086812-0.8119499991481.004473063668.27861780142-7.283092791447.86483426274-0.065035190481-0.1581541661990.03951652184910.2270518502130.3679524076860.639517448819-0.171120350423-0.340322446196-0.2891257602380.2007498879210.04916894796020.055598987710.2239914206970.002893791662230.241508573064-20.35962977160.20555395461637.6112671617
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 59 through 123 )AA59 - 1232 - 60
22chain 'A' and (resid 124 through 175 )AA124 - 17561 - 105
33chain 'A' and (resid 176 through 318 )AA176 - 318106 - 234
44chain 'A' and (resid 319 through 481 )AA319 - 481235 - 381
55chain 'K' and (resid 3 through 40 )KB3 - 401 - 38
66chain 'K' and (resid 41 through 60 )KB41 - 6039 - 58
77chain 'K' and (resid 61 through 98 )KB61 - 9859 - 96
88chain 'K' and (resid 99 through 122 )KB99 - 12297 - 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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