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Yorodumi- PDB-6wxm: X-ray crystallographic structure of a beta-hairpin peptide derive... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wxm | ||||||
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Title | X-ray crystallographic structure of a beta-hairpin peptide derived from amyloid beta 16-36 | ||||||
Components | Amyloid-beta proteinAmyloid beta | ||||||
Keywords | DE NOVO PROTEIN / oligomer / alzheimer's | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / signaling receptor activator activity / collateral sprouting in absence of injury / cytosolic mRNA polyadenylation / microglia development / regulation of synapse structure or activity / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis ...regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / signaling receptor activator activity / collateral sprouting in absence of injury / cytosolic mRNA polyadenylation / microglia development / regulation of synapse structure or activity / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / regulation of spontaneous synaptic transmission / regulation of Wnt signaling pathway / mating behavior / ciliary rootlet / Lysosome Vesicle Biogenesis / PTB domain binding / Golgi-associated vesicle / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / : / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / presynaptic active zone / nuclear envelope lumen / modulation of excitatory postsynaptic potential / suckling behavior / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / dendrite development / smooth endoplasmic reticulum / regulation of NMDA receptor activity / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / neuromuscular process controlling balance / regulation of presynapse assembly / The NLRP3 inflammasome / intracellular copper ion homeostasis / transition metal ion binding / regulation of multicellular organism growth / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of neuron differentiation / ECM proteoglycans / spindle midzone / positive regulation of T cell migration / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of calcium-mediated signaling / forebrain development / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of chemokine production / clathrin-coated pit / Notch signaling pathway / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of protein metabolic process / neuron projection maintenance / cholesterol metabolic process / extracellular matrix organization / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of mitotic cell cycle / response to interleukin-1 / axonogenesis / adult locomotory behavior / trans-Golgi network membrane / dendritic shaft / locomotory behavior / platelet alpha granule lumen / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / learning / central nervous system development / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / astrocyte activation / endosome lumen / synapse organization / Post-translational protein phosphorylation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / visual learning / neuromuscular junction / serine-type endopeptidase inhibitor activity / recycling endosome / cognition / positive regulation of inflammatory response / Golgi lumen / neuron cellular homeostasis / endocytosis / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to amyloid-beta / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / neuron projection development / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / cell-cell junction / synaptic vesicle / positive regulation of tumor necrosis factor production / regulation of translation Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Kreutzer, A.G. / Nowick, J.S. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Acs Chem Neurosci / Year: 2020 Title: X-ray Crystallography Reveals Parallel and Antiparallel beta-Sheet Dimers of a beta-Hairpin Derived from A beta16-36that Assemble to Form Different Tetramers. Authors: Kreutzer, A.G. / Samdin, T.D. / Guaglianone, G. / Spencer, R.K. / Nowick, J.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wxm.cif.gz | 184.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wxm.ent.gz | 139.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wxm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/6wxm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/6wxm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 2486.754 Da / Num. of mol.: 11 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: P05067 #2: Chemical | ChemComp-HEZ / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 296.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 0.1 M sodium acetate (pH 5.0), 0.1 M CoCl2, 1.1 M 1,6-hexanediol PH range: 4.5-6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 113.15 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.54 Å |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 92 / Detector: CCD / Date: Jun 2, 2015 |
Radiation | Monochromator: Cu anode / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→36.28 Å / Num. obs: 27084 / % possible obs: 98.46 % / Redundancy: 16.1 % / Biso Wilson estimate: 32.34 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.07937 / Rpim(I) all: 0.07937 / Rrim(I) all: 0.1122 / Net I/σ(I): 15.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.382 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.4408 / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / Num. unique obs: 2540 / CC1/2: 0.357 / CC star: 0.726 / Rpim(I) all: 0.4408 / Rrim(I) all: 0.6233 / % possible all: 87.34 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→36.28 Å / SU ML: 0.2832 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.6638 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 66.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→36.28 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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