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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wu1 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of apo LaINDY | |||||||||||||||
![]() | DASS family sodium-coupled anion symporter | |||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Sauer, D.B. / Marden, J.J. / Cocco, N.C. / Song, J.M. / Wang, D.N. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS) | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the reaction cycle of DASS dicarboxylate transporters. 著者: David B Sauer / Noah Trebesch / Jennifer J Marden / Nicolette Cocco / Jinmei Song / Akiko Koide / Shohei Koide / Emad Tajkhorshid / Da-Neng Wang / ![]() 要旨: Citrate, α-ketoglutarate and succinate are TCA cycle intermediates that also play essential roles in metabolic signaling and cellular regulation. These di- and tricarboxylates are imported into the ...Citrate, α-ketoglutarate and succinate are TCA cycle intermediates that also play essential roles in metabolic signaling and cellular regulation. These di- and tricarboxylates are imported into the cell by the divalent anion sodium symporter (DASS) family of plasma membrane transporters, which contains both cotransporters and exchangers. While DASS proteins transport substrates via an elevator mechanism, to date structures are only available for a single DASS cotransporter protein in a substrate-bound, inward-facing state. We report multiple cryo-EM and X-ray structures in four different states, including three hitherto unseen states, along with molecular dynamics simulations, of both a cotransporter and an exchanger. Comparison of these outward- and inward-facing structures reveal how the transport domain translates and rotates within the framework of the scaffold domain through the transport cycle. Additionally, we propose that DASS transporters ensure substrate coupling by a charge-compensation mechanism, and by structural changes upon substrate release. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 333 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 276.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56563.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: D7H66_01865 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HEX / ![]() #3: 化合物 | ChemComp-D10 / ![]() #4: 化合物 | ChemComp-OCT / ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: LaINDY / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 75.05 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3122 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 278663 / 対称性のタイプ: POINT |