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Yorodumi- PDB-6wt4: Structure of a bacterial STING receptor from Flavobacteriaceae sp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wt4 | ||||||
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Title | Structure of a bacterial STING receptor from Flavobacteriaceae sp. in complex with 3',3'-cGAMP | ||||||
Components | Bacterial STING | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / CBASS / cyclic dinucleotide receptor / CD-NTase / immune effector | ||||||
Function / homology | defense response to virus / membrane => GO:0016020 / nucleotide binding / plasma membrane / Chem-4BW / CD-NTase-associated protein 13 Function and homology information | ||||||
Biological species | Flavobacteriaceae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.78 Å | ||||||
Authors | Morehouse, B.R. / Govande, A.A. / Millman, A. / Keszei, A.F.A. / Lowey, B. / Ofir, G. / Shao, S. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2020 Title: STING cyclic dinucleotide sensing originated in bacteria. Authors: Morehouse, B.R. / Govande, A.A. / Millman, A. / Keszei, A.F.A. / Lowey, B. / Ofir, G. / Shao, S. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wt4.cif.gz | 161.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wt4.ent.gz | 112.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wt4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/6wt4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/6wt4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18669.375 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Flavobacteriaceae (bacteria) / Strain: Flavobacteriaceae sp. genome bin 11 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0DUD7*PLUS #2: Chemical | ChemComp-4BW / | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 2 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium acetate pH 4.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 14, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.78→44.79 Å / Num. obs: 34093 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 37.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 17.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.78→1.82 Å / Num. unique obs: 1916 / CC1/2: 0.68 / Rpim(I) all: 0.531 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.78→43.08 Å / SU ML: 0.231 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.7541 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 52.57 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.78→43.08 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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