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Yorodumi- PDB-6wpn: Crystal structure of a putative oligosaccharide periplasmic-bindi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wpn | |||||||||
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Title | Crystal structure of a putative oligosaccharide periplasmic-binding protein from Synechococcus sp. MITs9220 | |||||||||
Components | Substrate-binding protein | |||||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Substrate-binding protein / marine cyanobacteria / sugar-binding protein | |||||||||
Biological species | Synechococcus sp. (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.29 Å | |||||||||
Authors | Ford, B.A. / Michie, K.A. / Paulsen, I.T. / Mabbutt, B.C. / Shah, B.S. | |||||||||
Funding support | Australia, 2items
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Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2022 Title: Novel functional insights into a modified sugar-binding protein from Synechococcus MITS9220. Authors: Ford, B.A. / Michie, K.A. / Paulsen, I.T. / Mabbutt, B.C. / Shah, B.S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wpn.cif.gz | 362.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wpn.ent.gz | 263.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wpn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6wpn_validation.pdf.gz | 458.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6wpn_full_validation.pdf.gz | 464.6 KB | Display | |
Data in XML | 6wpn_validation.xml.gz | 28.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6wpn_validation.cif.gz | 38.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/6wpn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/6wpn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6wpmSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 47341.387 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Synechococcus sp. (bacteria) / Strain: MITs9220 / Gene: 00121 / Plasmid: pET15b / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 33 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: Ammonium sulphate (2 M), Tris (0.1 M, pH 8.5) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å | ||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 9, 2019 | ||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.29→46.79 Å / Num. obs: 30536 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 48.08 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 10.5 | ||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6WPM Resolution: 2.29→41.72 Å / SU ML: 0.3553 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 29.5977 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 65.29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.29→41.72 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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