PDB-6wle: Crystal structure of the Zeitlupe light-state mimic G46A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wle

タイトル

Crystal structure of the Zeitlupe light-state mimic G46A

要素

Adagio protein 1

キーワード

PLANT PROTEIN (植物) / Circadian clock control / dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

response to blue light /

ABCモデル /

SCF複合体 /

photoreceptor activity /

概日リズム / protein ubiquitination /

細胞核 /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Zoltowski, B. / Green, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Steric and Electronic Interactions at Gln154 in ZEITLUPE Induce Reorganization of the LOV Domain Dimer Interface.
著者: Pudasaini, A. / Green, R. / Song, Y.H. / Blumenfeld, A. / Karki, N. / Imaizumi, T. / Zoltowski, B.D.

履歴

登録	2020年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wle.cif.gz	439.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wle.ent.gz	294.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wle.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/6wle ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/6wle	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wlpC 5svuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wlp-2 6wlp-1 6wlp-3 1x8x-d 3lw7-d 3fup-2 6wlp-4 4asx-1 1wq4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (5) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (3) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (3) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (5)
#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (3)
#218 - 2018年2月
EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (3)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (1)
#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Adagio protein 1

A: Adagio protein 1

C: Adagio protein 1

D: Adagio protein 1

E: Adagio protein 1

F: Adagio protein 1

G: Adagio protein 1

ヘテロ分子

149 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Adagio protein 1

D: Adagio protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
42.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Adagio protein 1

E: Adagio protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Adagio protein 1

G: Adagio protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

F: Adagio protein 1

ヘテロ分子

F: Adagio protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	265.822, 265.822, 265.822
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3
Space group name Hall	I2b2c3
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: z,x,y #3: y,z,x #4: -y,-z+1/2,x #5: z,-x,-y+1/2 #6: -y+1/2,z,-x #7: -z,-x+1/2,y #8: -z+1/2,x,-y #9: y,-z,-x+1/2 #10: x,-y,-z+1/2 #11: -x+1/2,y,-z #12: -x,-y+1/2,z #13: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #14: z+1/2,x+1/2,y+1/2 #15: y+1/2,z+1/2,x+1/2 #16: -y+1/2,-z+1,x+1/2 #17: z+1/2,-x+1/2,-y+1 #18: -y+1,z+1/2,-x+1/2 #19: -z+1/2,-x+1,y+1/2 #20: -z+1,x+1/2,-y+1/2 #21: y+1/2,-z+1/2,-x+1 #22: x+1/2,-y+1/2,-z+1 #23: -x+1,y+1/2,-z+1/2 #24: -x+1/2,-y+1,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	F-17- CYS

#1: タンパク質	Adagio protein 1 / Clock-associated PAS protein ZTL / F-box only protein 2b / FBX2b / Flavin-binding kelch repeat F- ...Clock-associated PAS protein ZTL / F-box only protein 2b / FBX2b / Flavin-binding kelch repeat F-box protein 1-like protein 2 / FKF1-like protein 2 / LOV kelch protein 1 / Protein ZEITLUPE 分子量: 20815.404 Da / 分子数: 7 / 変異: G46A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: ADO1, FKL2, LKP1, ZTL, At5g57360, MSF19.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q94BT6
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド分子量: 456.344 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 1.6 M Ammonium Sulfate, 0.01 M Cobalt Chloride Hexahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9773 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9773 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→45.59 Å / Num. obs: 62237 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 53.42 Å² / R_merge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å / Num. unique obs: 3079 / CC_1/2: 0.642

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5SVU

5svu

解像度: 3→45.59 Å / SU ML: 0.396 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.1092

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2425	1997	3.21 %
R_work	0.2029	-	-
obs	0.2041	62142	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→45.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7243	0	229	102	7574

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0173	7631
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5587	10375
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0701	1157
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0089	1328
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.4217	1049

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.08	0.3234	140	0.2969	4283	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.08-3.16	0.3458	144	0.2851	4275	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.16-3.25	0.3231	144	0.2706	4277	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.25-3.36	0.3299	145	0.2587	4264	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.36-3.48	0.284	138	0.2696	4268	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.48-3.61	0.2767	145	0.2186	4267	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.62-3.78	0.2737	146	0.2572	4237	X-RAY DIFFRACTION	99.3
3.78-3.98	0.3102	139	0.2543	4274	X-RAY DIFFRACTION	99.59
3.98-4.23	0.2103	144	0.1724	4307	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.23-4.55	0.2007	140	0.1382	4282	X-RAY DIFFRACTION	100
4.55-5.01	0.1455	142	0.1306	4340	X-RAY DIFFRACTION	100
5.01-5.74	0.1684	145	0.1489	4313	X-RAY DIFFRACTION	100
5.74-7.22	0.2054	140	0.1787	4348	X-RAY DIFFRACTION	100
7.22-45.59	0.2422	145	0.1938	4410	X-RAY DIFFRACTION	98.89

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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