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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wc0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AceCas9 bound with guide RNA and DNA with 5'-NNNTC-3' PAM | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / DNA endonuclease / CRISPR-Cas9 (Cas9) / HNH / RuvC / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endonuclease activity / defense response to virus / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acidothermus cellulolyticus (バクテリア) Acidothermus cellulolyticus 11B (バクテリア) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.61 Å | ||||||
データ登録者 | Li, H. / Das, A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: The molecular basis for recognition of 5'-NNNCC-3' PAM and its methylation state by Acidothermus cellulolyticus Cas9. 著者: Das, A. / Hand, T.H. / Smith, C.L. / Wickline, E. / Zawrotny, M. / Li, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wc0.cif.gz | 276.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wc0.ent.gz | 209 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wc0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/6wc0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/6wc0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 109589.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acidothermus cellulolyticus (strain ATCC 43068 / 11B) (バクテリア) 株: ATCC 43068 / 11B / 遺伝子: Acel_1951 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0LWB3 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 30477.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Acidothermus cellulolyticus 11B (バクテリア) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 9127.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 3060.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.57 % |
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結晶化 | 温度: 303.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.04 M Citric acid, 0.06 M Bis-tris propane and 15-20% polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.61→177.62 Å / Num. obs: 252772 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.198 / Rpim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.61→3.95 Å / Rmerge(I) obs: 3.629 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 63055 / CC1/2: 0.554 / Rpim(I) all: 1.003 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6WBR 解像度: 3.61→94.22 Å / SU ML: 0.64 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.11 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 376.41 Å2 / Biso mean: 192.494 Å2 / Biso min: 111.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.61→94.22 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26
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