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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w7j | ||||||
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タイトル | Structure of Tdp1 catalytic domain in complex with inhibitor XZ635p | ||||||
要素 | Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor / phosphodiesterase (ホスホジエステラーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) / cancer drug target / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA修復 ...3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA修復 / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.489 Å | ||||||
データ登録者 | Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Pommier, Y. / Burke, T.R. / Waugh, D.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Tdp1 catalytic domain 著者: Lountos, G.T. / Waugh, D.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6w7j.cif.gz | 390.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6w7j.ent.gz | 314.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6w7j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/6w7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/6w7j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52126.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP1 / プラスミド: pDN2454 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.75 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.489→50 Å / Num. obs: 165958 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.046 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 40.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.489→1.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.332 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 8101 / CC1/2: 0.932 / CC star: 0.982 / Rpim(I) all: 0.163 / Rrim(I) all: 0.406 / Rsym value: 0.37 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6DHU 解像度: 1.489→46.306 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.26
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 128.68 Å2 / Biso mean: 26.6565 Å2 / Biso min: 9.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.489→46.306 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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