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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vzr | |||||||||
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タイトル | Engineered TTLL6 bound to the initiation analog | |||||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE (リガーゼ) / TTLL6 / protein engineering (タンパク質工学) / glutamylation / phosphinic acid based inhibitor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cilium movement / protein-glutamic acid ligase activity / tubulin-glutamic acid ligase activity / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / protein polyglutamylation / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / 9+0 non-motile cilium / microtubule severing / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) / microtubule bundle formation ...positive regulation of cilium movement / protein-glutamic acid ligase activity / tubulin-glutamic acid ligase activity / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / protein polyglutamylation / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / 9+0 non-motile cilium / microtubule severing / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) / microtubule bundle formation / tubulin binding / ciliary basal body / 繊毛 / microtubule cytoskeleton organization / 微小管 / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Mahalingan, K.K. / Keenen, E.K. / Strickland, M. / Li, Y. / Liu, Y. / Ball, H.L. / Tanner, M.E. / Tjandra, N. / Roll-Mecak, A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020 タイトル: Structural basis for polyglutamate chain initiation and elongation by TTLL family enzymes. 著者: Mahalingan, K.K. / Keith Keenan, E. / Strickland, M. / Li, Y. / Liu, Y. / Ball, H.L. / Tanner, M.E. / Tjandra, N. / Roll-Mecak, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vzr.cif.gz | 679.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vzr.ent.gz | 557.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vzr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/6vzr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/6vzr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 53345.398 Da / 分子数: 4 / 変異: Q180R,C179A,H362I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ttll6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4Q9E8, 合成酵素 |
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-TTLL6 unregistered ... , 2種, 2分子 FG
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1039.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Unregistered part of one of the chains A,B,C,D / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ttll6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 954.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Unregistered part of one of the chains A,B,C,D / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ttll6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-非ポリマー , 5種, 424分子
#4: 化合物 | ChemComp-2TI / ( #5: 化合物 | ChemComp-ADP / #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 化合物 | ChemComp-MG / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.54 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 100 mM Sodium Citrate, 200 mM MgCl2, 8-12% Peg 20000 PH範囲: 6.0-6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97741 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→45.95 Å / Num. obs: 169504 / % possible obs: 99.73 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 42.38 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0418 / Rpim(I) all: 0.0418 / Rrim(I) all: 0.05917 / Net I/σ(I): 10.45 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.693 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.312 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 16567 / CC1/2: 0.864 / CC star: 0.963 / Rpim(I) all: 0.312 / Rrim(I) all: 0.4412 / % possible all: 99.07 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4YLR 解像度: 2.6→45.95 Å / SU ML: 0.315 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 29.458 立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.95 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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